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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001557`

染色体: Chr07 坐标: 12716553-12719421 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001557`
名称	SmilChr07G001557
描述	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	12716553 - 12719421 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992565`
GeneID	`130992565`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992565`
原始查询	`LOC130992565`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
Arabidopsis	`AT5G49665` (AT5G49665) Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835029] identity=48.1; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0101800` (SOR1) - identity=41.4; qcov=1.11; evalue=8.77e-150; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00092 (VWA); PF00097 (zf-C3HC4); PF13519 (VWA_2); PF13639 (zf-RING_2); PF13768 (VWA_3); PF17123 (zf-RING_11); PF25243 (WAV3_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992565

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057773230.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057773230.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773230.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773230.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773230.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:12717112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr7:12717136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B30,C42,C63
`Chr7:12717229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:12717246`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B103
`Chr7:12717246`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B103
`Chr7:12717247`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	26	A10,A4,B10,B120,B18,B2,B26,B30,B39,B43,B44,B46,B56,B62,B67,B71,B76,B77,B82,C1,C16,C17,C34,C42,C52,C9
`Chr7:12717252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:12717429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,C37,C73
`Chr7:12717528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr7:12718905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr7:12718965`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773230.1

685 aa

342

685

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

VWA

VWA_3

VWA_2

WAV3_C

PF13639 zf-RING_2 94-140 aa PF17123 zf-RING_11 96-125 aa PF00097 zf-C3HC4 96-140 aa PF00092 VWA 286-416 aa PF13768 VWA_3 286-420 aa PF13519 VWA_2 287-392 aa PF25243 WAV3_C 552-624 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	94	140	1.4e-08	35.6	Ring finger domain
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	96	125	5.7e-08	33.0	RING-like zinc finger
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	96	140	2.3e-05	24.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF00092`	VWA	Domain	286	416	4.6e-13	50.5	von Willebrand factor type A domain
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF13768`	VWA_3	Domain	286	420	5.6e-13	49.9	von Willebrand factor type A domain
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF13519`	VWA_2	Domain	287	392	7e-19	69.1	von Willebrand factor type A domain
`XP_057773230.1`	Pfam	`PF25243`	WAV3_C	Domain	552	624	2.7e-34	117.6	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917247.1
ACGACCTTGGTGACCACATATCAAACGGCCCTGTGTTAAATAAAATTCATCAACACTCGAAAATACATATCCAACCAAAGAAGAAACACAAATTTTGCAGTTTGCACGTAAATAATGAATGGAGGCTATTATTATTTGGAGAGAGAGAGTTAATAAACACATATCTCGAATGATTGAAAAGATCCGCAGAGAGAGAGAGGAGAAGGTTTAATATAATATTTTGTTAGGAGTATTATATGGGGGTTAAATAATGCAAGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992565
ATGGGTACAGGTTGGAGAAGAGCATTTTGCAACACTCTCCCGAGAGACAGGGTCGCGGCGGAGTCGGATCAGCAGAGACCCACCAGAAGCAATCCTTCCACTCCTCGCTTGCGTTGCAAGAGTATGGAGAAGAACAAGATTGATGCGATGAATCCCAAGCTGGAATGCAAAACTACCAACTCCACGCCCACAACTCATTCCAGAATCCGCTTCAGCTCGGCGCCGTCTTCTCCCAGATCCCCTTTCTCTATCCTCAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773230.1
MGTGWRRAFCNTLPRDRVAAESDQQRPTRSNPSTPRLRCKSMEKNKIDAMNPKLECKTTNSTPTTHSRIRFSSAPSSPRSPFSILKNSLRLSRNSCGVCMQSVKSGQGTAIYTAECGHAFHFPCIAAHVGKQSALVCPVCAAVWKDVPLLAIHTQQNRQQEEKIVRIDPAAAPLSSPKINRRCDAAVYADDEPLLTPKFNPIRESVVDEGEDEVEEFQGFFVNPVSSSDDACSFNNADSRTVEVTVLPDAAVISQGRTHD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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