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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001478`

染色体: Chr07 坐标: 11630380-11636079 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001478`
名称	SmilChr07G001478
描述	cryptochrome-1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11630380 - 11636079 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992566`
GeneID	`130992566`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992566`
原始查询	`LOC130992566`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cryptochrome-1
产物	cryptochrome-1
Arabidopsis	`AT4G08920` (CRY1) cryptochrome 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826470] identity=76.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0452100` (OsCRY1b) - identity=69; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009785 (blue light signaling pathway); GO:0009882 (blue light photoreceptor activity); GO:0032922 (circadian regulation of gene expression); GO:0043153 (entrainment of circadian clock by photoperiod); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00875 (DNA_photolyase); PF03441 (FAD_binding_7); PF12546 (Cryptochrome_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057773231.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057773231.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057773231.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773231.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773231.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11631046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,B8
`Chr7:11631529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr7:11633117`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr7:11633350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr7:11635041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B8,C57
`Chr7:11635116`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C83
`Chr7:11635147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:11635529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr7:11635657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B34,B38,B39,C72,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773231.1

673 aa

336

673

DNA_photolyase

FAD_binding_7

Cryptochrome_C

PF00875 DNA_photolyase 9-164 aa PF03441 FAD_binding_7 285-483 aa PF12546 Cryptochrome_C 513-626 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773231.1`	Pfam	`PF00875`	DNA_photolyase	Domain	9	164	1.1e-40	140.0	DNA photolyase
`XP_057773231.1`	Pfam	`PF03441`	FAD_binding_7	Domain	285	483	1.7e-68	230.7	FAD binding domain of DNA photolyase
`XP_057773231.1`	Pfam	`PF12546`	Cryptochrome_C	Family	513	626	1.8e-33	116.4	Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917248.1
GATAGATAAGAAACGAAGATACATAAAATATTGAAAAACCCAAAAAGTTGTGGCTGCAAATTCCCCCTAGTTTTCTTGGAGCCCCACTATCTTCCACCAATCGCATTCACTCCCCTGTTTTTCTCTCTTTCTCAAAACTAAATGGTCTGCCTTTTGCCTTTTGCTACTGCGCTCCCTGCTTTGATAATACTACATTATTAACTTCAGGCGAATCAAGATTCATTCAGAATTTAATTCTCGGGCACACGTTTGTAAGTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992566
ATGGGAATGCCCGGAGGCGGATGCAGCATCGTATGGTTCAGGAGAGATCTCCGGGTGGAAGATAATCCGGCACTGGCGGCGGGCATGAGAGCGGGGGCGGTGGTGGCTGTGTTTGTTTGGGCGCCGGAGGAGGAGGGCCACTACTACCCCGGAAGGGTGTCGAGATGGTGGCTCAAGCATAGTTTATCACACCTTGATAGCTCCTTGAGGAGTCTTGGCACTCCCCTCCTCACTAAGAGATCTACCGATAGTGTTTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773231.1
MGMPGGGCSIVWFRRDLRVEDNPALAAGMRAGAVVAVFVWAPEEEGHYYPGRVSRWWLKHSLSHLDSSLRSLGTPLLTKRSTDSVSSLLEVIKLTGAAQLFFNHLYDPISLVRDHRVKEVLSGEGVSVRSFNADLLYEPWEVLDQEGRPFTTFSGFWDRCLSMPYDPESPLLPPKRIFPGDVSRCNPDTLVFEDESEKGSNALLARAWSPGWSNADKALTTFLNGPLIEYSKNRRKADSATTSFLSPHLHFGEVSVRKVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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