Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001495`

染色体: Chr07 坐标: 11846694-11855951 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001495`
名称	SmilChr07G001495
描述	glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11846694 - 11855951 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992575`
GeneID	`130992575`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992575`
原始查询	`LOC130992575`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucose-6-phosphate isomerase 1, chloroplastic
产物	glucose-6-phosphate isomerase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G24620` (PGI1) phosphoglucose isomerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828564] identity=83.5; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0465600` - identity=85.5; qcov=0.911; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004347 (glucose-6-phosphate isomerase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006094 (gluconeogenesis); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0048029 (monosaccharide binding); GO:0051156 (glucose 6-phosphate metabolic process); GO:0097367 (carbohydrate derivative binding)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00342 (PGI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773245.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057773245.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773245.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773245.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773245.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11847333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:11849836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B4
`Chr7:11851722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:11854927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773245.1

607 aa

304

607

PGI

PF00342 PGI 113-437 aa PF00342 PGI 468-528 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773245.1`	Pfam	`PF00342`	PGI	Domain	113	437	8.5e-62	210.1	Phosphoglucose isomerase
`XP_057773245.1`	Pfam	`PF00342`	PGI	Domain	468	528	8.5e-62	210.1	Phosphoglucose isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917262.1
GTAAATAAACAGAAAAGGGGACCAGTAGTGGTGTGGGAGTTATTGCATCAGACATCACTCAGCTGAGTTGGCAAACAAAACCAACTCTCGAAAATATCGAAGGTCAAACTCACTGCAACATTCAGTCTCTTTCTTTCTCTCTCTTTCCCTCTCCACCTCCGCGCAGAGGAGACGACAAACCCAATGGCGAATCTCATTCTCTCGTCTTCTCTCATCTGATCCACCGCTAAAATAATTCAATTATCAGTCTTACATCCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992575
ATGGCTTCCTCCATCTCCGCCGGCCTCTCTTTCAAGCTCACCCCACACTCCCTCACTCATAGGACCACCCCGTCTCTCTTCTCCCATCCCGCCGCCCATTTGAGGGTGGCGCGTCAGGTCCCACCGGAGACCCTCTCCAATTCGGCCTCGACCAACGACGCCGTGCGGTCGTCGTCGTCGGCGGCCCTCGAGAAGGACCCCCGCGAGCTGTGGAAGAGGTACGTAGATTGGCTGTACCAGCACAAGGAGCTGGGCCTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773245.1
MASSISAGLSFKLTPHSLTHRTTPSLFSHPAAHLRVARQVPPETLSNSASTNDAVRSSSSAALEKDPRELWKRYVDWLYQHKELGLYLDVSRVGFTDEFLREMEPRLQKAFTDMEELEKGAIANPDEGRMVGHYWLRNPQLAPKAILTQLIETTLESICDFAEQVISGKIRPPQKERFTQILSIGIGGSALGPQFVAEALAPDNPPLKIRFIDNTDPAGIDHQIAQLGSELESTLVIVVSKSGGTPETRNGLLEVQKAFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器