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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001382

染色体: Chr07 坐标: 10732466-10735679 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001382
名称SmilChr07G001382
描述protein CHUP1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10732466 - 10735679 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992577
GeneID130992577
locus_tag-
NCBI NameLOC130992577
原始查询LOC130992577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CHUP1, chloroplastic
产物protein CHUP1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G52080 (AR791)
actin binding protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841637]
identity=37.2; qcov=1.03; evalue=4.48e-95; confidence=medium
RiceOs05g0185800 (OJ1111_A10.14)
-
identity=36.7; qcov=0.895; evalue=2.99e-64; confidence=medium
GOGO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009707 (chloroplast outer membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773248.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057773248.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773248.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773248.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10733774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,D5
Chr7:10733884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:10733949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10733960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B69
Chr7:10733991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B69
Chr7:10734106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C3,D1
Chr7:10734188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:10734219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,B34
Chr7:10734328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:10734353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:10734397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:10734492 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917265.1
TTACTTTATTCAAATAGTTTCATTAAAAAATATGATCATTTTACTTCCCCCCATCAAGTTTCAAATTTAAAGTTGCGTGAGACAGTTTTGTTAAACTTTATTATTTAATTTGTTTCTTAAATATGACATAAGACAAACATTTGATGGCTTGGGTAATATTAATACAACAAAAGTCTGCACAAAGTAGAATAATTTTATTGAAGCTTGCTCCTACGCAACTGTTTCTTCAACTTTAATGCTCCAGCAAATTAATGAACGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992577
ATGTCTGTGAAAGGTAAAAGGGATGGTCCCATAAGCCCTGTGCTTTTCAAATTAGGTGTAGGTTTGGCTTTTTCCCTTGGTGGGATTGTCTTTACTTTTCTCAGAAGCAAAAGAATTATGCTTCCCAAACCAAAACCTTCACTGCCTTCTCCAGGTAAGGGCAGCCAGGCTGATTCAGAAGTTGCTTCTAAGAACCTAACTATCCCAAAAGTTACTTCTCAGAATTCTTTAAGTGAGGTCTCCTCTAGTGATGGTAGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773248.1
MSVKGKRDGPISPVLFKLGVGLAFSLGGIVFTFLRSKRIMLPKPKPSLPSPGKGSQADSEVASKNLTIPKVTSQNSLSEVSSSDGRSVEDRDGFLFHELDQLVKEYDMATDDASRRKNGQSLEPNVEPVKENEGEELRSLRSKVEILEQREKILENQLLEYYGLKEQENAVLELQNRLRVHNMEAKLYNLKIESLQSENKRLQAKVADHEKVVAELESAQAKITLLRKKLRFEAEQNREQILRLQERVMKMQDQDKKAVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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