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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001383

染色体: Chr07 坐标: 10735848-10738649 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001383
名称SmilChr07G001383
描述polyadenylate-binding protein 6-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10735848 - 10738649 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992601
GeneID130992601
locus_tag-
NCBI NameLOC130992601
原始查询LOC130992601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyadenylate-binding protein 6-like
产物polyadenylate-binding protein 6-like
ArabidopsisAT3G16380 (PAB6)
poly(A) binding protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820885]
identity=55.9; qcov=0.561; evalue=6.79e-92; confidence=medium
RiceOs09g0115400 (OsPABPC1)
-
identity=46.9; qcov=0.554; evalue=8.5e-71; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773284.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057773286.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773284.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773284.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10736197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr7:10736255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:10737006 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C51
Chr7:10737006 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C51
Chr7:10737585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,D5
Chr7:10737589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:10737653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,D5
Chr7:10737655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B69
Chr7:10737678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:10738422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C3,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773284.1
487 aa
N
1
244
487
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 12-82 aa PF00076 RRM_1 100-167 aa PF00076 RRM_1 188-256 aa
XP_057773285.1
486 aa
N
1
243
486
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 12-82 aa PF00076 RRM_1 100-167 aa PF00076 RRM_1 188-256 aa
XP_057773286.1
477 aa
N
1
238
477
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 12-82 aa PF00076 RRM_1 100-167 aa PF00076 RRM_1 188-256 aa
XP_057773287.1
469 aa
N
1
234
469
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 12-82 aa PF00076 RRM_1 100-167 aa PF00076 RRM_1 188-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773284.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 12 82 2.9e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773284.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 167 2.9e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773284.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 188 256 2.9e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773285.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 12 82 2.8e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773285.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 167 2.8e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773285.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 188 256 2.8e-55 184.8 RNA recognition motif
XP_057773286.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 12 82 2.6e-55 184.9 RNA recognition motif
XP_057773286.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 167 2.6e-55 184.9 RNA recognition motif
XP_057773286.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 188 256 2.6e-55 184.9 RNA recognition motif
XP_057773287.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 12 82 2.5e-55 185.0 RNA recognition motif
XP_057773287.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 100 167 2.5e-55 185.0 RNA recognition motif
XP_057773287.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 188 256 2.5e-55 185.0 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917304.1
AAATCAATGAACTTGCCATCTTTGGTAAGTTATAACTAATTCCTCAAAAAGACAATCCTGCCCTTACCGAGCGACGACGCCGTATTACTCCTTACGGACGCAGCGGATGACGTCGGTTATAACTTATAACTAACTTAAAACAGAAAAAGGAAAATGACAAAATAGCTTTAACACTCTCTCCCTCCCAATTCAAATTCACCCAACTCCACCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGAAGTAAGAAATGGC...
XM_057917301.1
ACAAAATAGCTTTAACACTCTCTCCCTCCCAATTCAAATTCACCCAACTCCACCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTGAAGTAAGAAATGGCGGCGAACGGAAAGAAGCTAAGAAGCTCACTCTACGTGGGTGATCTGCACCCGGATGTCACCGAGAAAGATCTCACTGACACATTTTCACGCGTTGCTCCGCTGCTATCCGTCCATCTCTGCCGCCACAAGCCCTCCGGCAGGTCCCTCTGCTACGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992601
ATGGCGGCGAACGGAAAGAAGCTAAGAAGCTCACTCTACGTGGGTGATCTGCACCCGGATGTCACCGAGAAAGATCTCACTGACACATTTTCACGCGTTGCTCCGCTGCTATCCGTCCATCTCTGCCGCCACAAGCCCTCCGGCAGGTCCCTCTGCTACGCTTACGTCAATTTCTGGCTTCCTTGTCACGCTTTCACCGCTCTGAAATGCCTGAATCATACTCTGATGAAGGGTAAACCGATTAGGGTTATGTGGAATGA...
LOC130992601
ATGGCGGCGAACGGAAAGAAGCTAAGAAGCTCACTCTACGTGGGTGATCTGCACCCGGATGTCACCGAGAAAGATCTCACTGACACATTTTCACGCGTTGCTCCGCTGCTATCCGTCCATCTCTGCCGCCACAAGCCCTCCGGCAGGTCCCTCTGCTACGCTTACGTCAATTTCTGGCTTCCTTGTCACGCTTTCACCGCTCTGAAATGCCTGAATCATACTCTGATGAAGGGTAAACCGATTAGGGTTATGTGGAATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773284.1
MAANGKKLRSSLYVGDLHPDVTEKDLTDTFSRVAPLLSVHLCRHKPSGRSLCYAYVNFWLPCHAFTALKCLNHTLMKGKPIRVMWNERDPTARKDNNANLFVKNLDKSVTSPILEEAFSKYGTVVSCKVAHENGISKGFGFVQFDSEDSAVAARTALHDAILAGKKLYVTKFLRKNERNGAEGCFKSLYVKNLDEDITADVLKDRFSAYGKVSDAVIMRDEKGSSKGFGFVNFDSHEAAKKAMEFLNGEKLGFKNIVVDR...
XP_057773285.1
MAANGKKLRSSLYVGDLHPDVTEKDLTDTFSRVAPLLSVHLCRHKPSGRSLCYAYVNFWLPCHAFTALKCLNHTLMKGKPIRVMWNERDPTARKDNNANLFVKNLDKSVTSPILEEAFSKYGTVVSCKVAHENGISKGFGFVQFDSEDSAVAARTALHDAILAGKKLYVTKFLRKNERNGAEGCFKSLYVKNLDEDITADVLKDRFSAYGKVSDAVIMRDEKGSSKGFGFVNFDSHEAAKKAMEFLNGEKLGFKNIVVDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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