当前解析结果
SmilChr07G001468| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001468 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001468 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001468 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 11527509 - 11533202 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992628 |
|---|---|
| GeneID | 130992628 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992628 |
| 原始查询 | LOC130992628 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Nucleic acid-binding proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821951]; symbol=AT3G23700; hit=AT3G23700; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Nucleic acid-binding proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821951]; symbol=AT3G23700; hit=AT3G23700; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G23700 (AT3G23700)Nucleic acid-binding proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821951] identity=67.3; qcov=0.892; evalue=5.38e-157; confidence=high |
| Rice | Os03g0844900 (OSJNBa0032G11.21)- identity=51; qcov=0.787; evalue=1.22e-84; confidence=high |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00575 (S1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992628 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057773326.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057773326.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773326.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773326.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773326.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:11529329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr7:11530878 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B34,B38,B39,C77 |
Chr7:11530902 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B57,B72,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773326.1PF00575
S1 181-259 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773326.1 |
Pfam | PF00575 |
S1 | Domain | 181 | 259 | 5.9e-23 | 81.7 | S1 RNA binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。