Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001379`

染色体: Chr07 坐标: 10711109-10713833 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001379`
名称	SmilChr07G001379
描述	acetylajmalan esterase-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10711109 - 10713833 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992630`
GeneID	`130992630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992630`
原始查询	`LOC130992630`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	acetylajmalan esterase-like
产物	acetylajmalan esterase-like
Arabidopsis	`AT5G03980` (AT5G03980) SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830277] identity=35.4; qcov=1; evalue=2.39e-68; confidence=medium
Rice	`Os11g0521000` (OsGELP111) - identity=38.7; qcov=0.903; evalue=1.34e-76; confidence=medium
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057773329.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773329.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773329.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773329.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773329.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10711408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,D4
`Chr7:10711415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr7:10712584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr7:10712604`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B131
`Chr7:10712604`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B131
`Chr7:10712655`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr7:10712687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr7:10712915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B72,B85,B90,B92,C21
`Chr7:10712995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr7:10713393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B22,B27,D4,D6
`Chr7:10713585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,D5
`Chr7:10713591`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773329.1

372 aa

186

372

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 33-355 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773329.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	33	355	1.5e-17	65.2	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917346.1
GCAAACATGCAGTCCCTCAAAACCATAGCCTTTTTCCTCTTAATTGCCGCTGCCACGACTTCCTCTCAAAATACTAACACCAAATGCCCATTTCAATTCTTGTACCACTTTGGCGACGGAATATCCGATATAGGAAACTCCGTTAGGGTTGAGCCCTTTGGGCCCCTTCTTCCGCCCACACGTGATCCTTACGGCGTAACTTTCCCCGGTCACCCCACCGGCCGTTGGTCCGACGGCCGTGTCGACGTCGACTATGTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992630
ATGCAGTCCCTCAAAACCATAGCCTTTTTCCTCTTAATTGCCGCTGCCACGACTTCCTCTCAAAATACTAACACCAAATGCCCATTTCAATTCTTGTACCACTTTGGCGACGGAATATCCGATATAGGAAACTCCGTTAGGGTTGAGCCCTTTGGGCCCCTTCTTCCGCCCACACGTGATCCTTACGGCGTAACTTTCCCCGGTCACCCCACCGGCCGTTGGTCCGACGGCCGTGTCGACGTCGACTATGTCGCTGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773329.1
MQSLKTIAFFLLIAAATTSSQNTNTKCPFQFLYHFGDGISDIGNSVRVEPFGPLLPPTRDPYGVTFPGHPTGRWSDGRVDVDYVAEDVGLPNIIQYLSMNMSKSYDGIIFSVARSTALNTSFFDSRGIHIPPYDIPLATQLSWFRTYLQSNCTTQTECAKRQPSNSVVLFEFSELNDLGYALLQGKSIQEVTTYVPLLVDAQVNAAREVIKLGATRVVYTTAAPLGCYPYILTALSTNDTSAYDGLGCLKAVNNLALNFN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器