同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001437

染色体: Chr07 坐标: 11148660-11152103 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001437
名称SmilChr07G001437
描述5'-adenylylsulfate reductase-like 5
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11148660 - 11152103 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992649
GeneID130992649
locus_tag-
NCBI NameLOC130992649
原始查询LOC130992649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述5'-adenylylsulfate reductase-like 5
产物5'-adenylylsulfate reductase-like 5
ArabidopsisAT3G03860 (APRL5)
APR-like 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821101]
identity=45.92; qcov=0.948; evalue=1.07e-92; confidence=high
RiceOs03g0806500 (OsAPRL5)
-
identity=40.54; qcov=0.843; evalue=5.32e-63; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin); PF27914 (APRL7_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992649

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057773360.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057773360.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11151653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:11151689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B131,D11
Chr7:11151720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B84,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773360.1
305 aa
N
1
152
305
Thioredoxin
APRL7_C
C
PF00085 Thioredoxin 61-157 aa PF27914 APRL7_C 193-265 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773360.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 61 157 1.2e-06 29.2 Thioredoxin
XP_057773360.1 Pfam PF27914 APRL7_C Domain 193 265 3e-32 111.4 5'-adenylylsulfate reductase 7, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917377.1
AAAAAAAGGCGAAAAAGGATTGGGCACCTCGCACCTGGATCCAAACGCGGCCATTATTATAATCACAAAATATTTACACGTATATATAATGTATATATATATGAAATCATTATGAAATAGCGTAGGTGAAAGGAAGTAGCTGTGAGAGAGAGAGCCCGAAGATTAGAAGAAGAAAAAGTAAAATAGGAAAATATTTGTGAATCCTCAAATTTGCAGCACCCGTTGTAATCGCTAGCTTTACAATTTTTATTTTTATTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057773360.1_36273
ATGGAGTTTCCGATGGGGAAATGTGTATGTATATTCATGTGTATATTGGCGGCATCAGCTACGTCGTTTCGATTGGTGTCTTCATCATCGACTTGTAAACGTGATTCCATGGAATTTCTTCACGATCTGAATTCTCAGTGCCCCCTATCGATCCATTGCTCTTCATCCCCAATTCAGGTGAATGAAGAATCCCTTGAAAATGCAATGAGCTCCATTCGAGACAATGAATATACTGCTGTTCTTTTCTATGCTTCTTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773360.1
MEFPMGKCVCIFMCILAASATSFRLVSSSSTCKRDSMEFLHDLNSQCPLSIHCSSSPIQVNEESLENAMSSIRDNEYTAVLFYASWCPFSSIFQSRFSTLSSMYPQIKHIMVDQTSVLPSVFSRNGIHSVPSLLIVNQTTRARYYGRKDLPSIVNFYKKSTGLDPVVDIVEDTECNLESDEQVFGVWKGASLKEIFSREPYLLVSIIFVLSRAFLYLFPEIAYHIMAIWLAYIPHLNMGIFGESRQLIGRALHLIDVKRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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