当前解析结果
SmilChr07G001494| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001494 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001494 |
| 描述 | GEM-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 11832630 - 11836833 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992658 |
|---|---|
| GeneID | 130992658 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992658 |
| 原始查询 | LOC130992658 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GEM-like protein 1 |
| 产物 | GEM-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT1G28200 (FIP1)FH interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839714] identity=62.1; qcov=0.925; evalue=3.89e-102; confidence=high |
| Rice | Os03g0187600 (OJ1217B09.2)- identity=60.59; qcov=0.88; evalue=2.36e-96; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02893 (GRAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992658 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057773377.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057773377.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057773377.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:11836283 |
C |
CAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A15,A5,B106,B133,B66,B67,C30,C4,C42,C52,C59,D5 |
Chr7:11836285 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A15,A5,B106,B112,B133,B31,B66,B67,C16,C30,C4,C42,C52,C59,D5 |
Chr7:11836292 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A10,A15,A5,B106,B112,B133,B31,B66,B67,C16,C30,C4,C42,C52,C59,C83,D5 |
Chr7:11836348 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 26 | A10,A15,A5,B106,B112,B129,B133,B2,B27,B3,B31,B5,B50,B66,B67,C16,C17,C30,C35,C36,C4,C42,C52,C59,C83,D5 |
Chr7:11836457 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A10,A5,B106,B108,B119,B122,B133,B2,B27,B50,B67,B84,B91,C30,C36,C4,C40,C41,C42,C50,C52,C59,D6 |
Chr7:11836642 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773377.1PF02893
GRAM 144-264 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773377.1 |
Pfam | PF02893 |
GRAM | Domain | 144 | 264 | 1.1e-20 | 74.2 | GRAM domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。