Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001561`

染色体: Chr07 坐标: 12783095-12788256 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001561`
名称	SmilChr07G001561
描述	phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	12783095 - 12788256 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992694`
GeneID	`130992694`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992694`
原始查询	`LOC130992694`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)-like
产物	phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)-like
Arabidopsis	`AT4G37870` (PCK1) phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829943] identity=76.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0255500` - identity=76; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004612 (phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006094 (gluconeogenesis)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00020 (Citrate cycle (TCA cycle) - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01293 (PEPCK_ATP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992694

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057773431.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773431.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057773431.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773431.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773431.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:12783807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,B39,B5,C69
`Chr7:12783822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr7:12786044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr7:12787917`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr7:12787917`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr7:12788033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B117,C48,C73,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773431.1

707 aa

354

707

PEPCK_ATP

PF01293 PEPCK_ATP 138-438 aa PF01293 PEPCK_ATP 485-653 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773431.1`	Pfam	`PF01293`	PEPCK_ATP	Family	138	438	3.1e-206	686.3	Phosphoenolpyruvate carboxykinase
`XP_057773431.1`	Pfam	`PF01293`	PEPCK_ATP	Family	485	653	3.1e-206	686.3	Phosphoenolpyruvate carboxykinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917448.1
TTATTTTTTCCGATTCAGCGACTATAAATACCAGACCTTTACGGACAATTAATAAGCCATCCCTCCCATCCCACAGTAAATTAAGAAGTTGGAAAATTGTGCATGGTTGAATTCTAATTTCAACCCTTCAATTATCCCAAGCACCTCTATAGTCGATCAGTAGAGGCGAAGAAGATGGCGGCGAACGGTGAATTCAGCTTCAGGAGCGGCGGTGTGAAAGGGCGGAACGGGCTGCCGAAGATTCACACGGACAAAAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992694
ATGGCGGCGAACGGTGAATTCAGCTTCAGGAGCGGCGGTGTGAAAGGGCGGAACGGGCTGCCGAAGATTCACACGGACAAAAAGGCTGTAGATGAGAAGGACATCTGCCACGATGACAGCGCGACGCCGGTGAAGGCGCAGACGCTCGACGAATTGCACTCTCTTCAGATGAAGAAGTCGGCGCCCACCACCCCCATCCAGGCGGCGCTCGGCCCCTTCGCGGAGGAGGAACGCCACAAACAGCAGCTCCAATCCATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773431.1
MAANGEFSFRSGGVKGRNGLPKIHTDKKAVDEKDICHDDSATPVKAQTLDELHSLQMKKSAPTTPIQAALGPFAEEERHKQQLQSISASLASLTRETGPKVVKGDPARAAETPRVSAVSHHHFEPTLDISDSGLKFTHILYNLSPAELYEQAIKYEKGSFITSSGALATLSGAKTGRSPRDKRVVKDETTEDLWWGKGSPNIEMDEHTFMVNRERAVDYLCSLEKVYVNDQFLNWDPEHRIKVRIVSARAYHSLFMHNMC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器