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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001568

染色体: Chr07 坐标: 12907441-12908556 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001568
名称SmilChr07G001568
描述protein RESPONSE TO ABA AND SALT 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12907441 - 12908556 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992726
GeneID130992726
locus_tag-
NCBI NameLOC130992726
原始查询LOC130992726

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RESPONSE TO ABA AND SALT 1-like
产物protein RESPONSE TO ABA AND SALT 1-like
ArabidopsisAT1G58330 (ZW2)
transcription factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842202]
identity=31.6; qcov=1.01; evalue=1.84e-36; confidence=low
RiceOs01g0306400 (OsDOG1L-1)
-
identity=32.6; qcov=0.978; evalue=2.18e-28; confidence=low
GOGO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF14144 (DOG1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992726

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773441.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773441.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773441.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773441.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773441.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12907685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:12907792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr7:12907822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B93,C8,C82
Chr7:12908267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773441.1
223 aa
N
1
112
223
DOG1
C
PF14144 DOG1 24-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773441.1 Pfam PF14144 DOG1 Family 24 97 4.4e-20 72.4 Seed dormancy control

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917458.1
ACCGCTTTCCATTGATATTTACCAACAATTCAAATTCTTGCGGATTAAGAAATTCATTAATAAAACTACAACACAACATCCTTCATTCCTAAGACAAATTATTAATTCCTTTCCCGATTCCCAAACAAATAAAAAAATGATATACATACAAAAATCCTTAATTCCTAAGACAAAAGTGTAACTCCCAAGTCCACGTTGTAATATTCCACCTATATATTTATACCCTCACTCTCTTGAAAATAATGGTACAAATGGCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992726
ATGGTACAAATGGCAAACTTCAGCAGCTTCTACCAAGGGTGGCTCAGCCGCCAAGAAGACCTGCTCCGGCAGCTCGAGGCCCTCTTGTCGCCGGTTGACGGCTTCGACCGGAAGAGAGAATGCGGCGATATCATTCCTCGCGTAATCGAGCATTACCGGGAGTTCTACCGCGAGAAGGCGGCGGCGGTTGAGGAGGATGTGTTTGTGTCGATATCTCCGCCGTGGATGAGCTCCTTCGAGCGCTCGCTGCTGTGGATTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773441.1
MVQMANFSSFYQGWLSRQEDLLRQLEALLSPVDGFDRKRECGDIIPRVIEHYREFYREKAAAVEEDVFVSISPPWMSSFERSLLWITGFRPSILFPIMDGALAEELSPGQMQRMEEVKTESRRREREITQDMARVQETVAEQPVYSLVKRFRNSVDYSVPEMHAAIDELKAAMRAVVGNADALQGWTVAEMVEVLDPVQGVRFLAAVARFQLRARNWGVERDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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