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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001573

染色体: Chr07 坐标: 12973783-12976106 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001573
名称SmilChr07G001573
描述E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12973783 - 12976106 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992729
GeneID130992729
locus_tag-
NCBI NameLOC130992729
原始查询LOC130992729

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase RSL1-like
ArabidopsisAT3G14250 (AT3G14250)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820645]
identity=38.1; qcov=0.954; evalue=1.15e-60; confidence=medium
RiceOs08g0451800
-
identity=38.3; qcov=0.951; evalue=3.5e-67; confidence=medium
GOGO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF01485 (IBR); PF22191 (IBR_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773444.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057773443.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057773443.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773444.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773444.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12974919 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A9,B19,B5,B88,C66,C7
Chr7:12975076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B68,C23,C82
Chr7:12975095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:12975100 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B15,B56,B98,C54
Chr7:12975100 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 4 B15,B56,B98,C54
Chr7:12975110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,D1
Chr7:12975226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:12975322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C46,C72
Chr7:12975334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773443.1
378 aa
N
1
189
378
IBR
IBR
IBR_1
C
PF01485 IBR 256-305 aa PF01485 IBR 325-373 aa PF22191 IBR_1 333-368 aa
XP_057773444.1
287 aa
N
1
144
287
IBR
IBR
IBR_1
C
PF01485 IBR 165-214 aa PF01485 IBR 233-283 aa PF22191 IBR_1 242-277 aa
XP_057773445.1
287 aa
N
1
144
287
IBR
IBR
IBR_1
C
PF01485 IBR 165-214 aa PF01485 IBR 233-283 aa PF22191 IBR_1 242-277 aa
XP_057773447.1
283 aa
N
1
142
283
IBR
IBR
IBR_1
C
PF01485 IBR 161-210 aa PF01485 IBR 229-279 aa PF22191 IBR_1 238-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773443.1 Pfam PF01485 IBR Domain 256 305 4.1e-16 59.5 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773443.1 Pfam PF01485 IBR Domain 325 373 4.1e-16 59.5 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773443.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 333 368 1.9e-08 34.7 IBR domain
XP_057773444.1 Pfam PF01485 IBR Domain 165 214 1.3e-16 61.1 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773444.1 Pfam PF01485 IBR Domain 233 283 1.3e-16 61.1 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773444.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 242 277 7.5e-09 36.1 IBR domain
XP_057773445.1 Pfam PF01485 IBR Domain 165 214 1.3e-16 61.1 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773445.1 Pfam PF01485 IBR Domain 233 283 1.3e-16 61.1 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773445.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 242 277 7.5e-09 36.1 IBR domain
XP_057773447.1 Pfam PF01485 IBR Domain 161 210 1.2e-16 61.2 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773447.1 Pfam PF01485 IBR Domain 229 279 1.2e-16 61.2 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057773447.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 238 273 6.9e-09 36.2 IBR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917461.1
TAGAATATTAGTGCGAATGATTATTAAATAAAATGAATACAAAACTATATTTATCACCAATAATGCTGCACTGGAATTGCATCTCATCCAACGCTGATTATGATTTCGGTGACACTCAAGTGGCCATCGGCCCTTAAATTTTCCGGCCGAATCCCGGCCACTTTCGAAGCCTTTGTTTCCACATACCACCACCTCTCCACCTTTCTCCGGTCGGACTCCGGCTCTTCAATCGTCTCCTTCGTAATGTACTCCGCCGGCAC...
XM_057917462.1
TAGAATATTAGTGCGAATGATTATTAAATAAAATGAATACAAAACTATATTTATCACCAATAATGCTGCACTGGAATTGCATCTCATCCAACGCTGATTATGATTTCGGTGACACTCAAGTGGCCATCGGCCCTTAAATTTTCCGGCCGAATCCCGGCCACTTTCGAAGCCTTTGTTTCCACATACCACCACCTCTCCACCTTTCTCCGGTCGGACTCCGGCTCTTCAATCGTCTCCTTCGTAATGTACTCCGCCGGCAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992729
ATGATTTCGGTGACACTCAAGTGGCCATCGGCCCTTAAATTTTCCGGCCGAATCCCGGCCACTTTCGAAGCCTTTGTTTCCACATACCACCACCTCTCCACCTTTCTCCGGTCGGACTCCGGCTCTTCAATCGTCTCCTTCGTAATGTACTCCGCCGGCACTTTTCTCGCAATCACTCTGCCTGCATGGATATTTCTCTACTTCAGAAAAATCAATAAACCCTTCATTCGCGCCGCCGATTCGGCGCCCCTCGTCAACGC...
LOC130992729
ATGCAGGGTCCCCTGCTATACATTACAGCATACTCTGGAGGAATCACGAGAGGCCTAGATGTTGCTTACGAAGATGCACTGACAATTGATGATGCTGATTACGCTGAGGAACTTCAGTTCCAAGAAACACTGATAGCCTCGTTTTTCACTTCAGAGTTGGAAAATATTCCATCTTCATCTGTGCAAGAACCTAACGTCTACAAAGGAGTGACGAAGCCTGAGATTGCTGAGGATTCATACCAAAGCTTCTGTGGAATATG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773443.1
MISVTLKWPSALKFSGRIPATFEAFVSTYHHLSTFLRSDSGSSIVSFVMYSAGTFLAITLPAWIFLYFRKINKPFIRAADSAPLVNAPSPERRVGPIVDNAYSGGITRGLDVAYEDALTIDDADYAEELQFQETLIASFFTSELENIPSSSVQEPNVYKGVTKPEIAEDSYQSFCGICLENKESWLMFANETCHHSFCYECTTSHVVAKIQDKVRDIACPAPGCNAVLDFDACRLMISDEALVQWDESLCMSLIPESQKL...
XP_057773444.1
MQGPLLYITAYSGGITRGLDVAYEDALTIDDADYAEELQFQETLIASFFTSELENIPSSSVQEPNVYKGVTKPEIAEDSYQSFCGICLENKESWLMFANETCHHSFCYECTTSHVVAKIQDKVRDIACPAPGCNAVLDFDACRLMISDEALVQWDESLCMSLIPESQKLYCPFRDCSALLVNDHGDAFEKLRCLVCSRWFCAQCRVPWHVDFTCKEFQKLYAKKGGKVDKIVKELAKKKSWQKCPKCKMYVEKTEGCVHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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