当前解析结果
SmilChr01G003464| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003464 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003464 |
| 描述 | monooxygenase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 53217848 - 53222611 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992751 |
|---|---|
| GeneID | 130992751 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992751 |
| 原始查询 | LOC130992751 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | monooxygenase 2-like |
| 产物 | monooxygenase 2-like |
| Arabidopsis | AT5G05320 (AT5G05320)FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830414] identity=47.3; qcov=0.988; evalue=7.08e-133; confidence=high |
| Rice | Os03g0154100- identity=50.9; qcov=0.98; evalue=4.62e-141; confidence=high |
| GO | GO:0071949 (FAD binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00890 (FAD_binding_2); PF01266 (DAO); PF01494 (FAD_binding_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992751 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057773483.1 |
| 2 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057773483.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773483.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773483.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773483.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:53220772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B132 |
Chr1:53221252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,C21,C77,C83 |
Chr1:53222025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B23,B51,D2 |
Chr1:53222068 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
Chr1:53222122 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C71,D3 |
Chr1:53222130 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr1:53222264 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,B51,D2 |
Chr1:53222288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr1:53222299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773483.1PF01494
FAD_binding_3 8-355 aa
PF00890
FAD_binding_2 9-46 aa
PF01266
DAO 9-120 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773483.1 |
Pfam | PF01494 |
FAD_binding_3 | Domain | 8 | 355 | 1.6e-22 | 81.0 | FAD binding domain |
XP_057773483.1 |
Pfam | PF00890 |
FAD_binding_2 | Domain | 9 | 46 | 7.6e-05 | 22.8 | FAD binding domain |
XP_057773483.1 |
Pfam | PF01266 |
DAO | Domain | 9 | 120 | 5.3e-08 | 33.5 | FAD dependent oxidoreductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。