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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003761

染色体: Chr07 坐标: 45938817-45945151 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003761
名称SmilChr07G003761
描述protein ABA AND ROS SENSITIVE 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向45938817 - 45945151 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992775
GeneID130992775
locus_tag-
NCBI NameLOC130992775
原始查询LOC130992775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ABA AND ROS SENSITIVE 1
产物protein ABA AND ROS SENSITIVE 1
ArabidopsisAT3G02860 (AT3G02860)
zinc ion binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821212]
identity=48.8; qcov=1.01; evalue=3.07e-79; confidence=high
RiceOs05g0495100
-
identity=38.2; qcov=1.15; evalue=4.61e-52; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005681 (spliceosomal complex); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0033260 (nuclear DNA replication); GO:0033314 (mitotic DNA replication checkpoint signaling); GO:0044773 (mitotic DNA damage checkpoint signaling)
KEGG-
PfamPF12874 (zf-met); PF23406 (ZNF380_CC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773511.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057773511.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057773511.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773511.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:45939156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:45940800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C63
Chr7:45940852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:45940892 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B120
Chr7:45940892 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B120
Chr7:45944441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr7:45944602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:45944865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B27,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773511.1
333 aa
N
1
166
333
zf-met
ZNF380_CC
C
PF12874 zf-met 39-62 aa PF23406 ZNF380_CC 208-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773511.1 Pfam PF12874 zf-met Domain 39 62 1.4e-05 25.9 Zinc-finger of C2H2 type
XP_057773511.1 Pfam PF23406 ZNF380_CC Coiled-coil 208 287 2.9e-06 28.4 ZNF380 coiled-coil

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917528.1
TCTCGCCCTTGTCTTCGCGTTCATTTCCCGTCAGATATCTGAATTCCTCTCTTCTACTCTCTTCAATTCCGCCAAGGCTCGCTGTTCAACACCCACTGACGCCGCCCCCATCTCACCATTCTCGCCGGACTTCCAGCAGCCGACACACCCCCCGCCCCTTCCTCTCAATCCTTTAATAGATAGTATGATCGTTTTTGCGAAAACCGGAGACCTAACTTGAAACTGGAAGCTAGTATTTTATTAAGGTTTTGGTAAAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992775
ATGGATGCTCAAGCGAAGCAGAAAGCATTGTTTCGAGCCAAGTTGAACGCGCAAAAAAGGGAAAAGCAGCGAATTGATTCTCCGCTTGTGAGGTATAATGAACATGATCAACCCGTATGTAGAGTCTGTGATGTGGTCGTCAAATCTGAGTTGCATTGGCCTGCACATCAAGCATCTCGCAAACATCACGAGGCTATTGAAAAGTTCAAAGCCAGTGCTGCTGCACAAAATCGGGCTAATGATGCTAAATCTGAGTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773511.1
MDAQAKQKALFRAKLNAQKREKQRIDSPLVRYNEHDQPVCRVCDVVVKSELHWPAHQASRKHHEAIEKFKASAAAQNRANDAKSESAKELPKPKPVLSRDLSAKSEPSVALPKQQSSTLPPDFFDDHSTKRQKNEREPRNFGTPDSVEDSVSAKNQLAEASVSGNGISTSSTATTKQMGQPGLQASKDFRQVSKSATGLESKQAKGALPEGFFDDKDAELRARGITPVKPDVKDEYKEFERLIKDDLQEIDNRLEEEEFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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