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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003351

染色体: Chr01 坐标: 52261010-52264693 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003351
名称SmilChr01G003351
描述chaperone protein dnaJ 10-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52261010 - 52264693 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992805
GeneID130992805
locus_tag-
NCBI NameLOC130992805
原始查询LOC130992805

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ 10-like
产物chaperone protein dnaJ 10-like
ArabidopsisAT1G77020 (AT1G77020)
DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844038]
identity=67.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0555700 (OsDjC19)
-
identity=65.9; qcov=0.995; evalue=4.44e-177; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF14308 (DnaJ-X)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057773539.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057773539.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057773539.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057773539.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773539.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52261558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C46
Chr1:52262642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C87
Chr1:52262663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B69,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773539.1
383 aa
N
1
192
383
DnaJ
DnaJ-X
C
PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 131-320 aa
XP_057773547.1
377 aa
N
1
188
377
DnaJ
DnaJ-X
C
PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 131-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773539.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 6 68 3.4e-24 85.4 DnaJ domain
XP_057773539.1 Pfam PF14308 DnaJ-X Domain 131 320 2.3e-48 165.1 X-domain of DnaJ-containing
XP_057773547.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 6 68 3.3e-24 85.5 DnaJ domain
XP_057773547.1 Pfam PF14308 DnaJ-X Domain 131 320 4.5e-49 167.4 X-domain of DnaJ-containing

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917564.1
CAATGGACAACGCATCGAAAATGATCAGCGCCACAAAGTGACAGTTAAAATACTGTTTTCCTCCCGCGAAAAAGCTTTTACAAAAAGTGACTTCATTACCTGGCTTTATTCAACTGGAAAGCCCCAACTCCAACATGCCCACACCTCCCCCTATTTTTTTTCACGCTACTTTTCTTCGTCTGCTCTCCTCTCTGCTCCAAGATCACACTTTCTCCATATTCTCTGCAAAAAATGGTTAAAGAAACTGAATTCTACGATAT...
XM_057917556.1
CAATGGACAACGCATCGAAAATGATCAGCGCCACAAAGTGACAGTTAAAATACTGTTTTCCTCCCGCGAAAAAGCTTTTACAAAAAGTGACTTCATTACCTGGCTTTATTCAACTGGAAAGCCCCAACTCCAACATGCCCACACCTCCCCCTATTTTTTTTCACGCTACTTTTCTTCGTCTGCTCTCCTCTCTGCTCCAAGATCACACTTTCTCCATATTCTCTGCAAAAAATGGTTAAAGAAACTGAATTCTACGATAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992805
ATGGTTAAAGAAACTGAATTCTACGATATTCTCGGCGTCAGCCCCGCGGCATCAGAGGAGGAAATTCGCAAGGCCTACTATCTTAAGGCGAGGCAAGTTCACCCCGATAAGAATCCAGACGATTCCCAGGCAGCTGCCCGATTTCAGGTGCTAGGAGAAGCTTACCAAGTTCTGAGTGATCCATTGCAGAGAGATACATATGATCAGAATGGGAAGAATTGCATATCTAAGGAGACAATGCTCGATCCAACTGCTGTCTT...
LOC130992805
ATGGTTAAAGAAACTGAATTCTACGATATTCTCGGCGTCAGCCCCGCGGCATCAGAGGAGGAAATTCGCAAGGCCTACTATCTTAAGGCGAGGCAAGTTCACCCCGATAAGAATCCAGACGATTCCCAGGCAGCTGCCCGATTTCAGGTGCTAGGAGAAGCTTACCAAGTTCTGAGTGATCCATTGCAGAGAGATACATATGATCAGAATGGGAAGAATTGCATATCTAAGGAGACAATGCTCGATCCAACTGCTGTCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773539.1
MVKETEFYDILGVSPAASEEEIRKAYYLKARQVHPDKNPDDSQAAARFQVLGEAYQVLSDPLQRDTYDQNGKNCISKETMLDPTAVFALLFGSELFEDYIGHIAVASMASSELAGEGDNPEKVHDKLKAVQREREEKLAAKLRDFLQQHVGGDRDGFIRKAESEAERLSHASFGSEMLNTIGYIYTRQAALQLGKKAIYLGVPFVAEWVRNKGHFWKSQFTASKGAFQLLQLQDDIRRQCKIEGSGEEDDVEAHLRQNRE...
XP_057773547.1
MVKETEFYDILGVSPAASEEEIRKAYYLKARQVHPDKNPDDSQAAARFQVLGEAYQVLSDPLQRDTYDQNGKNCISKETMLDPTAVFALLFGSELFEDYIGHIAVASMASSELAGEGDNPEKVHDKLKAVQREREEKLAAKLRDFLQQHVGGDRDGFIRKAESEAERLSHASFGSEMLNTIGYIYTRQAALQLGKKAIYLGVPFVAEWVRNKGHFWKSQFTASKGAFQLLQLQDDIRRQCKIEGSGEEDDVEAHLRQNRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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