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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003817

染色体: Chr07 坐标: 47095222-47101021 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003817
名称SmilChr07G003817
描述AT-hook motif nuclear-localized protein 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47095222 - 47101021 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992816
GeneID130992816
locus_tag-
NCBI NameLOC130992816
原始查询LOC130992816

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT-hook motif nuclear-localized protein 1
产物AT-hook motif nuclear-localized protein 1
ArabidopsisAT4G12080 (AHL1)
AT-hook motif nuclear-localized protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826816]
identity=59.2; qcov=1.03; evalue=6.42e-124; confidence=high
RiceOs08g0118000 (OsAHL1)
-
identity=55.8; qcov=0.92; evalue=2.41e-83; confidence=high
GOGO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding)
KEGG-
PfamPF03479 (PCC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773548.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773548.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773548.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773548.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773548.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:47095996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:47097187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C87
Chr7:47097202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B81,D10
Chr7:47099658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B61,B99,C5,C71
Chr7:47099701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:47100534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773548.1
327 aa
N
1
164
327
PCC
C
PF03479 PCC 140-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773548.1 Pfam PF03479 PCC Domain 140 259 2.8e-35 121.7 Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917565.1
GGGAGTGATAGTTGTCTTCATGCCTTGGCAACCTAATTTCACTTTTCCCAACTACAATTACTTTATTTAATTTCTCTCATTGTTTAATTTAAAATTTTCCCCCAACCGGACTCCAAACCTTTTTATTAACCAAAATATATAATTTCCTTGCTTCAAATAATTAACAATTAATGTCCCGAATATTTAATATTTTCCTAACAATTTTTAAATTTGCAATTCGGACAATCTGAGAAAAGTTAGGGAAACTAAATTGGCCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992816
ATGGAAGGCAGTAATAATTTGAGTAGCAGCGGAGTTACGGTGGTGGGATCAGATGCTCCGTCGGACTACCATATGGCCCCCAGGCCAGCCGCCGAAAACCCCACTGGATCAGCTCCGCCAGCTGCCGCCGTGACGCCGCCGCCTCCAGCTTCTGCAACTCCTACTCCGGTAGCGGGCGGGGTTGGGGCCGTCGCAGGCTTGAAGAAGAAGAGGGGCAGGCCGAGGAAGTATGGGCCCGATGGGGCGGTGGCTGGGGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773548.1
MEGSNNLSSSGVTVVGSDAPSDYHMAPRPAAENPTGSAPPAAAVTPPPPASATPTPVAGGVGAVAGLKKKRGRPRKYGPDGAVAGALSPKPISSSAPPPVIDFSAVAKRGKVRSITSAAKVQLPVAMEAESMGEWVSCSVGANFTPHIITVNAGEDVTMKVISFSQQGPRAICILSANGVISSVTLRQPDSSGGTLTYEGRFEILSLTGSFMPSETGGMRNRSGGMSVSLASPDGRVVGGGVAGLLVAASPVQIVVGSFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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