Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003602`

染色体: Chr07 坐标: 42148127-42152944 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003602`
名称	SmilChr07G003602
描述	uncharacterized SmilChr07G003602
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	42148127 - 42152944 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992851`
GeneID	`130992851`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992851`
原始查询	`LOC130992851`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773591.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773591.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773591.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773591.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773591.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:42151849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C59
`Chr7:42151849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr7:42151953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,C15,D3
`Chr7:42151959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B136,C80
`Chr7:42151976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B136,C80
`Chr7:42151980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B136
`Chr7:42151981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr7:42151989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B136
`Chr7:42151992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A3,B100,B105,B112,B13,B132,B15,B16,B36,B49,B56,B58,B65,B67,B69,B75,B9,B95,B96,C12,C18,C38,C4,C41,C43,C46,C60,C65,C72,C84,D6
`Chr7:42151999`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	100	A10,A14,A15,A18,A2,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,B10,B101,B104,B107,B108,B110,B111,B112,B115,B117,B119,B12,B121,B122,B128,B131,B136,B139,B140,B17,B18,B2,B22,B23,B24,B26,B30,B32,B33,B37,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B52,B53,B54,B55,B60,B68,B77,B82,B84,B85,B87,B88,B89,B97,B98,C15,C17,C19,C20,C23,C24,C28,C29,C3,C34,C38,C39,C41,C44,C45,C46,C49,C5,C52,C57,C66,C67,C71,C72,C73,C74,C77,C79,C87,C9,D3,D5,D6,D7,D8
`Chr7:42152023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B128,B44,B61
`Chr7:42152025`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B128,B44,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917609.1
GGGTGTTGAACTTGCTGCATTGGAAGGAAAGAGTACAACAACATTGGCAGCTTGTACGACATTCGCTGAAGATCTAACCGAGCTGCGTTTTCCAGCTCCTAGGATTCTTGCATTTAAGACAAAGACACCCAGAACGAAGAAGAAGTCTGCCAAAAAATTGATCAATGAATCTCCAATAAAGAAAAGGTCATCACTGTCTGCTTCATTGATAGCACTATACTATGTGCTGGAGAAATCGTTCAAGAATCGTCGAGGACTAC...

XM_057917608.1
GGATGGCAGAACTCGTGATGAATATCTTCGACATCCATCTGATGCACCGGCTTGGAAGTTAGTGGACACCAAATGGCCAGATTTTGGGAATGAACCAAGAAATCTGAGATTAGCTTTAGCAGCTGATGATATGAATCCCCACGGTATGATGAGTTCCAATTATAGTTGTTGGCTAGTTTTGTTAGTCACGTACAACCTACCTCATTGGTTATGCATGAAGAGAAGATTCATGATGCTAACTCTCTTGATCTCTGGTCCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130992851
ATGTGGATTCACATTGGATACTCACAGTCATTGAACCACACAAAGGCCACGTTTATCTGTTGGACTCTCTTTTATCACAGAAATCGTGATATCCCTTGGAAAGCTGCTGTTGACAATGCCATGAGTATTTTCAATGCACACAATGGAAAGAAAATCAAGAATTCAGCAAAATGGGATATCATAAAGGGTCCTAAGCAACCTGGCAGTACGGAATGTGGATTTTTTGTGATGCGATATATGAAAGACATAGTCGAAGGGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057773591.1
MWIHIGYSQSLNHTKATFICWTLFYHRNRDIPWKAAVDNAMSIFNAHNGKKIKNSAKWDIIKGPKQPGSTECGFFVMRYMKDIVEGFERDDNISLPSLFTNVAYSQVEIDEVREEWAKCVLLHVLD

XP_057773592.1
MWIHIGYSQSLNHTKATFICWTLFYHRNRDIPWKAAVDNAMSIFNAHNGKKIKNSAKWDIIKGPKQPGSTECGFFVMRYMKDIVEGFERDDNISLPSLFTNVAYSQVEIDEVREEWAKCVLLHVLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器