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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003515

染色体: Chr07 坐标: 40167343-40172566 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003515
名称SmilChr07G003515
描述embryogenesis-associated protein EMB8
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向40167343 - 40172566 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992936
GeneID130992936
locus_tag-
NCBI NameLOC130992936
原始查询LOC130992936

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述embryogenesis-associated protein EMB8
产物embryogenesis-associated protein EMB8
ArabidopsisAT3G50790 (AT3G50790)
esterase/lipase/thioesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824243]
identity=66.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0432600
-
identity=34.9; qcov=0.857; evalue=1.88e-63; confidence=low
GOGO:0034338 (short-chain carboxylesterase activity); GO:0044255 (GO:0044255); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773649.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057773649.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773649.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773649.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773649.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:40167713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B114,B17,B73,C30
Chr7:40167770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C25
Chr7:40168951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr7:40169108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:40171004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C82
Chr7:40171037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:40171409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr7:40171447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:40172351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773649.1
421 aa
N
1
210
421
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF00561 Abhydrolase_1 134-372 aa PF12697 Abhydrolase_6 136-375 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773649.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 134 372 2.9e-17 63.9 alpha/beta hydrolase fold
XP_057773649.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 136 375 7e-11 43.9 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917666.1
GAGACGGTCGAACTCAGTTACGAGAGAGCAGTTGGAACTTGGAAGTTGGAAGACAGCCACACATTCCTCTGCTGCCGACCAATGGCGAGAGCCACCTTCGGCTTCGCCACCCCTCTCTCCGCCTCTCTCCGCCACCTACCTCATCTTCCCTTCGCTCTCACCCTCATCAGACCCCCTTATTTCTCTACTCTCCGCGCCACCGCCGCCAGAATGCCGGAGTGCTCCAGTGAGCTCCACCCCTCTCTCGAAGTCGTTGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992936
ATGGCGAGAGCCACCTTCGGCTTCGCCACCCCTCTCTCCGCCTCTCTCCGCCACCTACCTCATCTTCCCTTCGCTCTCACCCTCATCAGACCCCCTTATTTCTCTACTCTCCGCGCCACCGCCGCCAGAATGCCGGAGTGCTCCAGTGAGCTCCACCCCTCTCTCGAAGTCGTTGGCGGAGGCGCCGACACATTCATCCCTGCATTCAAAGCCCCTCATATTCCCTACGTTCCTTACCCCTTGATCGCTTCCAATCGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773649.1
MARATFGFATPLSASLRHLPHLPFALTLIRPPYFSTLRATAARMPECSSELHPSLEVVGGGADTFIPAFKAPHIPYVPYPLIASNRHVETIFAAFFRSLPDVRFRRECLRTSDGGAVALDWVSGDDRSLPLESPILILLPGLTGGSQDTYVRHMLLRARSEGWRVVVFNSRGCGSSPVTTAQFYSASFLGDISEVVDHVGSRYSRANLYAVGWSLGANILVRYVGQGSFSCPLAGAVSLCNPFNLIIADEDFRKGFNIIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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