当前解析结果
SmilChr01G003403| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003403 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003403 |
| 描述 | electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 52713622 - 52717399 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992963 |
|---|---|
| GeneID | 130992963 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992963 |
| 原始查询 | LOC130992963 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial |
| 产物 | electron transfer flavoprotein subunit alpha%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT1G50940 (ETFALPHA)electron transfer flavoprotein alpha [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841516] identity=71.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0835400 (ETFA)- identity=71.5; qcov=0.98; evalue=6.15e-156; confidence=high |
| GO | GO:0005739 (mitochondrion); GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00766 (ETF_alpha); PF01012 (ETF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992963 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057773665.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 1.00000 | XP_057773665.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773665.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773665.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773665.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:52714333 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr1:52714349 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr1:52715420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B94,C5,C80 |
Chr1:52715465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr1:52715513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,C41 |
Chr1:52715552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,A6,B59,C38,C75 |
Chr1:52715585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B44,B50,B53,B62 |
Chr1:52715955 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr1:52716384 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,C1 |
Chr1:52716391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr1:52717254 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B73,C41 |
Chr1:52717254 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B73,C41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773665.1PF01012
ETF 28-205 aa
PF00766
ETF_alpha 231-311 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773665.1 |
Pfam | PF01012 |
ETF | Domain | 28 | 205 | 7.7e-39 | 134.1 | Electron transfer flavoprotein domain |
XP_057773665.1 |
Pfam | PF00766 |
ETF_alpha | Domain | 231 | 311 | 2.1e-36 | 124.5 | Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。