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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003403

染色体: Chr01 坐标: 52713622-52717399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003403
名称SmilChr01G003403
描述electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52713622 - 52717399 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992963
GeneID130992963
locus_tag-
NCBI NameLOC130992963
原始查询LOC130992963

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial
产物electron transfer flavoprotein subunit alpha%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G50940 (ETFALPHA)
electron transfer flavoprotein alpha [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841516]
identity=71.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0835400 (ETFA)
-
identity=71.5; qcov=0.98; evalue=6.15e-156; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG-
PfamPF00766 (ETF_alpha); PF01012 (ETF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773665.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057773665.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773665.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773665.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52714333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:52714349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr1:52715420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C5,C80
Chr1:52715465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:52715513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C41
Chr1:52715552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A6,B59,C38,C75
Chr1:52715585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B44,B50,B53,B62
Chr1:52715955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr1:52716384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C1
Chr1:52716391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr1:52717254 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B73,C41
Chr1:52717254 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B73,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773665.1
354 aa
N
1
177
354
ETF
ETF_alpha
C
PF01012 ETF 28-205 aa PF00766 ETF_alpha 231-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773665.1 Pfam PF01012 ETF Domain 28 205 7.7e-39 134.1 Electron transfer flavoprotein domain
XP_057773665.1 Pfam PF00766 ETF_alpha Domain 231 311 2.1e-36 124.5 Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917682.1
AAATAAACTATTTCTAAAAATTTATTTGTAAAGACCGAATTACCCTCGGGCAGTGTTCTCCTTGGCCTCCGTCTCTGGCTATTCATCTTGTCCAAGCTACTTGCTGCTGTAGCATTAGCATCACCACCTAAAACAACATTACAAAGAAATATAAATAAGATAAAACAATCGGAAAAAAATGACAATTCGAGTTCTGCTCGGAGCGGTTTCGAAGCGCTCGTTTGCTACTCGCGTGCCCCCTCGTTCGCGATTTCATAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992963
ATGACAATTCGAGTTCTGCTCGGAGCGGTTTCGAAGCGCTCGTTTGCTACTCGCGTGCCCCCTCGTTCGCGATTTCATAGCACTCTGGTTGTGGCGGAACACGAAGGGGGATCCATTAAGGCGTCATCGCTGAGTGCAGTGGAGGCTGCTAAGCATTTGGGCGAGGAAAATTCTGTATCTTTGCTGCTTGCTGGTTCAGGTCCTTCCTTACAGGAGGCTGCTGCTCATGCCGCTTCGTTTCATCCTTCCATTTCTAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773665.1
MTIRVLLGAVSKRSFATRVPPRSRFHSTLVVAEHEGGSIKASSLSAVEAAKHLGEENSVSLLLAGSGPSLQEAAAHAASFHPSISKVLLADSEKFTYALAEPWAKLVYLMQQKGSYSHIIAGSGSFGKNVLPRAAALLDVSPITDVTEISGSNLFVRPIYAGNALSTVRYTGSNPCMLTIRATSFPTGMVSASVSNDKCIEKVDLSAFDEDDAVGKSRYVSISSQDTERPDLGNAHIVVTGGRGLKSAENFKMIEKLAEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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