当前解析结果
SmilChr07G000244| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000244 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000244 |
| 描述 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 25 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1577242 - 1578986 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993021 |
|---|---|
| GeneID | 130993021 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993021 |
| 原始查询 | LOC130993021 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 25 |
| 产物 | non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 25 |
| Arabidopsis | AT4G14805 (AT4G14805)Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827136] identity=40.43; qcov=0.609; evalue=1.5e-23; confidence=medium |
| Rice | Os07g0198300 (OsLTPG19)- identity=35.13; qcov=0.32; evalue=7.0e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14368 (LTP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993021 |
特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773725.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:1577407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr7:1577434 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,C26,C39,C48,C53 |
Chr7:1577454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B134 |
Chr7:1577500 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B27,B61,C10 |
Chr7:1577747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:1578698 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:1578725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr7:1578767 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr7:1578793 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:1578800 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:1578815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B133 |
Chr7:1578824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,C70,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773725.1PF14368
LTP_2 45-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773725.1 |
Pfam | PF14368 |
LTP_2 | Family | 45 | 136 | 1.4e-12 | 48.3 | Probable lipid transfer |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。