Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000262`

染色体: Chr07 坐标: 1678345-1678677 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000262`
名称	SmilChr07G000262
描述	uncharacterized SmilChr07G000262
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1678345 - 1678677 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993024`
GeneID	`130993024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993024`
原始查询	`LOC130993024`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057773727.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773727.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773727.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773727.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773727.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1678378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr7:1678440`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D11
`Chr7:1678440`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D11
`Chr7:1678450`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	127	A10,A11,A13,A15,A23,A25,A4,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B122,B125,B126,B127,B13,B132,B137,B138,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B23,B28,B3,B31,B33,B36,B37,B4,B40,B41,B46,B47,B49,B5,B50,B55,B57,B58,B6,B60,B68,B69,B7,B70,B73,B77,B79,B82,B83,B84,B85,B89,B91,B93,B94,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C33,C34,C35,C36,C39,C4,C42,C45,C46,C48,C56,C6,C60,C61,C65,C67,C69,C7,C70,C72,C74,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C84,C86,D1,D6,D7,D9
`Chr7:1678536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B25,B81,C16
`Chr7:1678538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr7:1678541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C15
`Chr7:1678640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C58,C78,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917744.1
ATGTCTCGTGCATTCTCTCTCTTGGTGCTCATTGGTTTCTTGATTCTTGTGGTTACTCCCTCTCTTGCTCGTGATTTAGATGAAGATCCATCGTTGTTGGATTTGAATATAGATGAAAATAATGAAGGTGATGATGAGATGTTGTGGAATATAGAGTCACTCAAGCACCACCGCCACGGCCATGGCCACCGCGGCGGCCGTCATGCTCCGTCTCCTAAAAGCCACGACGGCGCAAACCATCGCCACCATGCTCCTCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993024
ATGTCTCGTGCATTCTCTCTCTTGGTGCTCATTGGTTTCTTGATTCTTGTGGTTACTCCCTCTCTTGCTCGTGATTTAGATGAAGATCCATCGTTGTTGGATTTGAATATAGATGAAAATAATGAAGGTGATGATGAGATGTTGTGGAATATAGAGTCACTCAAGCACCACCGCCACGGCCATGGCCACCGCGGCGGCCGTCATGCTCCGTCTCCTAAAAGCCACGACGGCGCAAACCATCGCCACCATGCTCCTCCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773727.1
MSRAFSLLVLIGFLILVVTPSLARDLDEDPSLLDLNIDENNEGDDEMLWNIESLKHHRHGHGHRGGRHAPSPKSHDGANHRHHAPPPHRHHHAPPPHNRHHHAPPPAESF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器