当前解析结果
SmilChr07G000268| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000268 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000268 |
| 描述 | probable disease resistance protein At1g59620 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1725549 - 1726136 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993025 |
|---|---|
| GeneID | 130993025 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993025 |
| 原始查询 | LOC130993025 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable disease resistance protein At1g59620 |
| 产物 | probable disease resistance protein At1g59620 |
| Arabidopsis | AT1G53350 (AT1G53350)Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=27.7; qcov=0.964; evalue=5.14e-07; confidence=low |
| Rice | Os08g0543100- identity=30.7; qcov=0.769; evalue=2.17e-08; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993025 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057773728.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057773728.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773728.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773728.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773728.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:1725659 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C78 |
Chr7:1725689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B59,B82,B84,B95 |
Chr7:1725697 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr7:1725737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B60,C64 |
Chr7:1725752 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B120 |
Chr7:1725752 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr7:1725768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B137 |
Chr7:1725818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B57,B60,B79 |
Chr7:1725918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr7:1725969 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr7:1726008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,D1 |
Chr7:1726082 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773728.1PF00931
NB-ARC 155-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773728.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 155 | 194 | 1.2e-06 | 29.0 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。