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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000268

染色体: Chr07 坐标: 1725549-1726136 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000268
名称SmilChr07G000268
描述probable disease resistance protein At1g59620
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1725549 - 1726136 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993025
GeneID130993025
locus_tag-
NCBI NameLOC130993025
原始查询LOC130993025

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g59620
产物probable disease resistance protein At1g59620
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=27.7; qcov=0.964; evalue=5.14e-07; confidence=low
RiceOs08g0543100
-
identity=30.7; qcov=0.769; evalue=2.17e-08; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993025

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773728.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057773728.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773728.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773728.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773728.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1725659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C78
Chr7:1725689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B82,B84,B95
Chr7:1725697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:1725737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B60,C64
Chr7:1725752 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120
Chr7:1725752 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B120
Chr7:1725768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B137
Chr7:1725818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B57,B60,B79
Chr7:1725918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr7:1725969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:1726008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,D1
Chr7:1726082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773728.1
195 aa
N
1
98
195
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 155-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773728.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 155 194 1.2e-06 29.0 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917745.1
ATGGCTTACAATCTTCAATCTCTCATCACCATCCTCCAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACTCTGGATTCTTGAACCTGATCAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCTTCTTCCCTGCAGCAGATTCTCGAAAAATCTCCACCACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCACATGGTTGAAGCAAATGAATCTTACATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993025
ATGGCTTACAATCTTCAATCTCTCATCACCATCCTCCAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACTCTGGATTCTTGAACCTGATCAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCTTCTTCCCTGCAGCAGATTCTCGAAAAATCTCCACCACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCACATGGTTGAAGCAAATGAATCTTACATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773728.1
MAYNLQSLITILQGILDPQQTLWILEPDQKPQLQSLLQKASSLQQILEKSPPLTKIPSLECQIRDVANEAEDIVESHMVEANESYMLERLFSMPEEEEDTTPDVLTPDVTQKLDSVIEQVVKLVEVETNKKPTGSSWSGDGASFSSSKSVVVGVDEDLKQLQDRLTGMQSKLEILPIVGMGGIGKTTLARKLYQE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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