Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000390

染色体: Chr07 坐标: 2611406-2612722 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000390
名称SmilChr07G000390
描述uncharacterized SmilChr07G000390
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2611406 - 2612722 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993037
GeneID130993037
locus_tag-
NCBI NameLOC130993037
原始查询LOC130993037

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821153]; symbol=AT3G03030; hit=AT3G03030; species=arabidopsis; confidence=low
产物F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821153]; symbol=AT3G03030; hit=AT3G03030; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G03030 (AT3G03030)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821153]
identity=30.6; qcov=0.447; evalue=6.69e-08; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993037

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773741.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773741.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773741.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773741.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773741.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2611463 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 24 A15,A23,A5,A6,A8,B104,B105,B106,B108,B137,B21,B5,B56,B62,B92,B94,C14,C23,C32,C44,C68,C71,C73,D6
Chr7:2611538 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 39 A21,A24,B1,B101,B117,B119,B123,B127,B129,B13,B136,B16,B4,B48,B52,B61,B76,B84,B85,B89,B98,C12,C21,C26,C33,C34,C38,C39,C43,C45,C46,C48,C51,C53,C60,C63,C65,C79,D4
Chr7:2611550 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 89 A10,A2,A21,A24,A3,A5,A9,B1,B101,B103,B104,B108,B119,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B135,B136,B140,B16,B19,B25,B26,B32,B34,B35,B41,B42,B43,B48,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B61,B63,B75,B76,B79,B80,B84,B85,B89,B96,B98,B99,C1,C11,C12,C15,C16,C19,C20,C21,C22,C26,C27,C33,C34,C38,C39,C42,C43,C45,C47,C48,C49,C51,C60,C63,C65,C69,C71,C72,C79,C80,C83,C84,C85,C87,D1,D4
Chr7:2611579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C56
Chr7:2611587 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B10,B132,B30,B63,C17,C26,C31,C52,C76,C77
Chr7:2611631 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A15,B122,B40,B93,C39
Chr7:2611631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B122,B40,B93,C39
Chr7:2611692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C33
Chr7:2611702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:2611720 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B140,B53
Chr7:2611720 C CGG 2bp_insertion CDS_variant 2 B140,B53
Chr7:2611756 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917758.1
ATGGCTCATCTTCCTGCAGATGTTATTCAGTGCATACAATCTCTTCTCACTGCAAAAGAAGCTGCTCGAACCACTCTCCTATCCAAGTCATGGTACGGCGCGTGGGCCACAACTCCCAATCTCAGTTTCGATGAATACGAGTTGCGAGAAAGGTTGCCGCAGTTGGCGAAGAAGACGTTGCAGAGGTATGAACATCTCAATCTAAACATCCAAAGTTTCAGTCTACAGATGTATGGAGAACATTCTCTGGCTAGAGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993037
ATGGCTCATCTTCCTGCAGATGTTATTCAGTGCATACAATCTCTTCTCACTGCAAAAGAAGCTGCTCGAACCACTCTCCTATCCAAGTCATGGTACGGCGCGTGGGCCACAACTCCCAATCTCAGTTTCGATGAATACGAGTTGCGAGAAAGGTTGCCGCAGTTGGCGAAGAAGACGTTGCAGAGGTATGAACATCTCAATCTAAACATCCAAAGTTTCAGTCTACAGATGTATGGAGAACATTCTCTGGCTAGAGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773741.1
MAHLPADVIQCIQSLLTAKEAARTTLLSKSWYGAWATTPNLSFDEYELRERLPQLAKKTLQRYEHLNLNIQSFSLQMYGEHSLARELISKAMELGATDLKILVEDNNTVSFVLPDKVVESQTLTRLSVFGCTVELGRRKKKEVIPCFTLKSLHLSYVTVNGDFFNDLSWRFPLIEEFTLKKPKSLPGTQLALDVGAMMKLHKLEYLRMEGLDIKDSFSKHDLWPQLRYLKELVVQNFQFSKYWNDIRICSQSLERIVILL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器