Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000392`

染色体: Chr07 坐标: 2645647-2647580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000392`
名称	SmilChr07G000392
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g59250-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2645647 - 2647580 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993039`
GeneID	`130993039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993039`
原始查询	`LOC130993039`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g59250-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g59250-like
Arabidopsis	`AT3G59250` (AT3G59250) F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825094] identity=29.7; qcov=0.991; evalue=1.29e-13; confidence=low
Rice	`Os11g0209600` (OsFbox594) - identity=24; qcov=0.987; evalue=1e-06; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773743.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773743.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773743.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773743.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773743.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2645649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr7:2645663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr7:2645676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C58,D9
`Chr7:2645679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C58,D9
`Chr7:2645688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B124,B55,B76,C6
`Chr7:2645690`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B3,C17,C25
`Chr7:2645690`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B3,C17,C25
`Chr7:2645733`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A20,A9,B105,B112,B119,B125,B133,B15,B27,B58,B61,C29,C31,C43,C70,D2
`Chr7:2645820`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A8,B122
`Chr7:2645820`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A8,B122
`Chr7:2645824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B40,C55,C8
`Chr7:2645836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B16,B40,C28,C55,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917760.1
ATGGAAAAGTGCAAGCGAATCCAAATCCGGTTGCCGGAAGCCATAATTCAGCAGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAAGAAGCTGCTCGAACTACTCTAATCTCCAAATCATGGTACAACGCCTGGCAAACTCGCCCCGTGCTCGTGCTCAGAAATCTCGATTGGAGATCATCGGCGGCCGAGTTCTCGGAATTTGCAGTGAAGACCATGCGAAGATTGATCGTGGATGCCATGAAATTGGGAGCTACTGATCTCAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993039
ATGGAAAAGTGCAAGCGAATCCAAATCCGGTTGCCGGAAGCCATAATTCAGCAGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAAGAAGCTGCTCGAACTACTCTAATCTCCAAATCATGGTACAACGCCTGGCAAACTCGCCCCGTGCTCGTGCTCAGAAATCTCGATTGGAGATCATCGGCGGCCGAGTTCTCGGAATTTGCAGTGAAGACCATGCGAAGATTGATCGTGGATGCCATGAAATTGGGAGCTACTGATCTCAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773743.1
MEKCKRIQIRLPEAIIQQIQSFLSEEEAARTTLISKSWYNAWQTRPVLVLRNLDWRSSAAEFSEFAVKTMRRLIVDAMKLGATDLNLEFKPTTFVLPAEVLGSESLLRLSVFGCEIDGNFKCSMLKSLSLDLVLLKSDDMLGIITSCCKSIEELSLSNSKASLSNPRRTLSSMNLHELHKLKRLYLEELNVDYCFFYDLLESRFPCLDDMSLVGCFFWLNGMKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器