Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000437`

染色体: Chr07 坐标: 3058786-3059292 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000437`
名称	SmilChr07G000437
描述	glycine-rich protein DOT1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3058786 - 3059292 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993049`
GeneID	`130993049`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993049`
原始查询	`LOC130993049`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycine-rich protein DOT1-like
产物	glycine-rich protein DOT1-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057773752.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773752.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773752.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773752.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773752.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3058838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr7:3058848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B66,B98,C45
`Chr7:3058891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr7:3058963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr7:3058973`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	21	A19,A4,B111,B126,B15,B31,B34,B4,B58,B65,B69,C28,C39,C43,C61,C71,C73,C82,D6,D7,D8
`Chr7:3059011`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	B10,B121,B127,B13,B134,B54,B77,C18,C25,C29,C45,C49,C67,C84,D1
`Chr7:3059019`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	B10,B127,B13,B134,B54,B77,C18,C25,C29,C45,C49,C67,C84,D1
`Chr7:3059030`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B110,B139
`Chr7:3059030`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B110,B139
`Chr7:3059039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B88,C36,C6
`Chr7:3059065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B88,C36,C6
`Chr7:3059100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917769.1
ATGGCATTTAAACTCTATTTAATTGAAGCAGGTTTGAAAATCAAGGCCTTCGTCGTCAAGCTAAAGCGTCATTGGGGAAGGAGACGAAATGATCGAGGCGGTGGCCGTCGCGGAGGCGGAGGTGGCCGTCGCGGTGGCAGAGAAGATGGAGGTGGAGGTGGAGATGGTGGTGTAGATGCAGGTGGAGATGGTGGTGGAGATATTGATGACAACAGTAGAGGACATCACCAAGGTGGTCATGGTGGCCACAACCGCGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993049
ATGGCATTTAAACTCTATTTAATTGAAGCAGGTTTGAAAATCAAGGCCTTCGTCGTCAAGCTAAAGCGTCATTGGGGAAGGAGACGAAATGATCGAGGCGGTGGCCGTCGCGGAGGCGGAGGTGGCCGTCGCGGTGGCAGAGAAGATGGAGGTGGAGGTGGAGATGGTGGTGTAGATGCAGGTGGAGATGGTGGTGGAGATATTGATGACAACAGTAGAGGACATCACCAAGGTGGTCATGGTGGCCACAACCGCGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773752.1
MAFKLYLIEAGLKIKAFVVKLKRHWGRRRNDRGGGRRGGGGGRRGGREDGGGGGDGGVDAGGDGGGDIDDNSRGHHQGGHGGHNREGHHDGGGHHGGGGHHYGGYHGGGGHHYGGHHGGGGHNDGGGHHYGGDHGGGGHHYGGHYGGDHGGGGGHYGGDHGSGDGDGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器