当前解析结果
SmilChr07G000465| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000465 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000465 |
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 3271460 - 3272806 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993055 |
|---|---|
| GeneID | 130993055 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993055 |
| 原始查询 | LOC130993055 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 产物 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| Arabidopsis | AT5G65550 (AT5G65550)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681] identity=29.7; qcov=0.984; evalue=2.35e-60; confidence=low |
| Rice | Os07g0672700- identity=38; qcov=1.06; evalue=2.3e-96; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993055 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057773758.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057773758.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057773758.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773758.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773758.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:3271504 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 40 | A10,A11,A22,A6,A7,B10,B100,B102,B105,B115,B120,B127,B129,B130,B18,B21,B30,B49,B50,B74,B79,B87,B99,C24,C30,C33,C36,C4,C50,C51,C63,C67,C71,C73,C75,C81,C82,D10,D3,D9 |
Chr7:3271559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B90,B92,C3,C59 |
Chr7:3271585 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B124,D1 |
Chr7:3271585 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B124,D1 |
Chr7:3271685 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,D9 |
Chr7:3271826 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr7:3271836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B45 |
Chr7:3271889 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,D11 |
Chr7:3272098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B131,B56,B96 |
Chr7:3272108 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 58 | A1,A10,A5,A6,B11,B115,B117,B12,B120,B123,B127,B13,B134,B139,B14,B16,B20,B31,B34,B35,B42,B43,B48,B51,B55,B61,B64,B65,B66,B67,B72,B85,B87,B91,B93,B94,C28,C3,C31,C34,C35,C37,C40,C43,C45,C47,C52,C58,C62,C63,C64,C65,C66,C70,C71,C75,C83,D5 |
Chr7:3272111 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 55 | A1,A10,A5,A6,B11,B115,B117,B12,B120,B123,B127,B13,B134,B139,B14,B16,B20,B34,B35,B42,B43,B48,B5,B51,B55,B61,B64,B65,B67,B72,B85,B87,B91,B93,B94,C28,C3,C31,C34,C35,C37,C40,C43,C45,C47,C52,C58,C63,C64,C65,C66,C70,C71,C83,D5 |
Chr7:3272176 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B111,B71,C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773758.1PF00201
UDPGT 311-395 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773758.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 311 | 395 | 9.5e-14 | 51.8 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。