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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004740

染色体: Chr07 坐标: 60249658-60251435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004740
名称SmilChr07G004740
描述deSI-like protein At4g17486
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向60249658 - 60251435 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993064
GeneID130993064
locus_tag-
NCBI NameLOC130993064
原始查询LOC130993064

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述deSI-like protein At4g17486
产物deSI-like protein At4g17486
ArabidopsisAT5G25170 (AT5G25170)
PPPDE putative thiol peptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832588]
identity=74; qcov=0.804; evalue=6.88e-99; confidence=high
RiceOs03g0198500
-
identity=57.6; qcov=0.739; evalue=1.08e-72; confidence=high
GOGO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0101005 (deubiquitinase activity)
KEGG-
PfamPF05903 (Peptidase_C97)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endosome 内体 0.60000 XP_057773769.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057773769.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057773769.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057773769.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:60249984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B104,B126,C40,D11
Chr7:60250034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:60250631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B35,C48,D11
Chr7:60250710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773769.1
230 aa
N
1
115
230
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 16-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773769.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 16 150 2.7e-53 180.6 PPPDE putative peptidase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917786.1
GAGGATTTTATTTTGGAAACCTCAATTGAAAAAAGAAAATGCACCGAAATTGTATAATAATATTGGTATAGAAAAAAAAATGTAGGCGTTTGTTTCCCTTGTATTCTTCTCTCCACATCCTTACTAGGACTAGGAGCTTAATAATCACAATTCACAAGGCAAAAGCGAATTGGGTTTTCCGTTATCAAAATCTTCAATCCCAATTCCAAATCCGGATGAATTGGCATCATCATATTCATATATCGAGGATTGGGATTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993064
ATGCTGCGCAGAATGATGGGGAAGAAGGGGAAGACGGGCACTATTCCGGTGTACCTCAATGTATACGATCTCACCCCCATCAACGGCTATGCTTACTGGCTCGGCCTCGGTATCTATCATTCCGGGGTTCAAGTTCATGGAGTTGAGTATGCATTTGGTGCTCATGAACATTCAACAACTGGGATTTTTGAGGTAGAACCAAAGCATTGTCCTGGTTTCACATTTAGAAAATCAATCTTGATTGCAAGATCAGATTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773769.1
MLRRMMGKKGKTGTIPVYLNVYDLTPINGYAYWLGLGIYHSGVQVHGVEYAFGAHEHSTTGIFEVEPKHCPGFTFRKSILIARSDLGPKEVRALMENLAQEYPGNAYNLISKNCNHFCNDVCLRLTGKQIPRWVNRLARLGLFCNCVLPAGLNEAKVGHVRGGEKNSESEKKKLTSHLSRYVSASDPNPSANTPSSGSATRSGRRQSSHSLSQRSFSSLSEATSKWPEYM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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