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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000612

染色体: Chr07 坐标: 4157654-4158034 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000612
名称SmilChr07G000612
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4157654 - 4158034 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993082
GeneID130993082
locus_tag-
NCBI NameLOC130993082
原始查询LOC130993082

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-3
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-3
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993082

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773788.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773788.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057773788.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773788.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4157655 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B123,B45,C49,C70
Chr7:4157655 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 4 B123,B45,C49,C70
Chr7:4157740 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B1,B12,B55,B93
Chr7:4157740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B12,B55,B93
Chr7:4157753 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B34,C70
Chr7:4157753 G GAC 2bp_insertion CDS_variant 2 B34,C70
Chr7:4157788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B55,B93
Chr7:4157798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B55,B93
Chr7:4157841 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B15,B44,B75,B8,C25,C47,C72,C79
Chr7:4157857 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A4,B123,B139,C10,C11,C40,C54
Chr7:4157860 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 7 A4,B123,B139,C10,C11,C40,C54
Chr7:4157878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B36,B62,C24,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917805.1
ATGGGACGCTGTACCTTCAAAACCAAGGAGACGAGTCAAGAGTTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGAAGAAGAAGAAGAGTGGGAAATAGAAGAAGGAGATGAGTTCAGCTCATTGCAGTTTCTACAACTCAATTATTTAGATGTGGTGCGTTGGAGAGCTGATGAAACTAACTTCCCTAGACTCCGACATCTCATTTTACGAGGTTGTTATCATCTTGAGGAAATCCCCGCCGGCATTGGAGAAATCCCAACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993082
ATGGGACGCTGTACCTTCAAAACCAAGGAGACGAGTCAAGAGTTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGAAGAAGAAGAAGAGTGGGAAATAGAAGAAGGAGATGAGTTCAGCTCATTGCAGTTTCTACAACTCAATTATTTAGATGTGGTGCGTTGGAGAGCTGATGAAACTAACTTCCCTAGACTCCGACATCTCATTTTACGAGGTTGTTATCATCTTGAGGAAATCCCCGCCGGCATTGGAGAAATCCCAACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773788.1
MGRCTFKTKETSQELEEEEEEEDEEEEEWEIEEGDEFSSLQFLQLNYLDVVRWRADETNFPRLRHLILRGCYHLEEIPAGIGEIPTLQLIELEECSDSAVASAKQIQEEQQSEYGNYDLQLRIVSY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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