Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000671`

染色体: Chr07 坐标: 4555874-4558259 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000671`
名称	SmilChr07G000671
描述	uncharacterized SmilChr07G000671
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4555874 - 4558259 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993089`
GeneID	`130993089`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993089`
原始查询	`LOC130993089`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=29.8; qcov=0.433; evalue=7.8e-34; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=25.6; qcov=0.557; evalue=5.71e-30; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993089

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773796.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057773796.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057773796.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773796.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773796.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4555894`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr7:4555922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C13
`Chr7:4555942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr7:4555962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr7:4555981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B35,B4,B97,C22
`Chr7:4556014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B140,C48,C82
`Chr7:4556020`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A15,A16,A25,A3,A9,B12,B125,B128,B129,B132,B20,B27,B33,B57,B76,C20,C31,C46,C50,C70,C75
`Chr7:4556026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B47,C56
`Chr7:4556029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,C55
`Chr7:4556038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B53,B77
`Chr7:4556066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B6,C67
`Chr7:4556087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773796.1

644 aa

322

644

RVT_3

PF13456 RVT_3 494-616 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773796.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	494	616	2.4e-15	57.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917813.1
ATGTTTAACAAACTATGTGATGATATTAGCAAGGCTTATGATAGAGTAAACTGGGCTTATCTGGATGCGGTATTGAGGCGGTGGGTTTTTGTGATAAATGGCGTGGATGGATGCGTTTGTGTGTCCAAACTGTTTCCTATGACGTGTCTCTCTGCTATGGTTAAGCACGAAACTGCTCGAGGGTCGATGCATGGCGTGAAAATGGGGCACGATGGCCCTTTCATTTCTCATCTTATGTTTGCCGATGATTGTCTGTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993089
ATGTTTAACAAACTATGTGATGATATTAGCAAGGCTTATGATAGAGTAAACTGGGCTTATCTGGATGCGGTATTGAGGCGGTGGGTTTTTGTGATAAATGGCGTGGATGGATGCGTTTGTGTGTCCAAACTGTTTCCTATGACGTGTCTCTCTGCTATGGTTAAGCACGAAACTGCTCGAGGGTCGATGCATGGCGTGAAAATGGGGCACGATGGCCCTTTCATTTCTCATCTTATGTTTGCCGATGATTGTCTGTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773796.1
MFNKLCDDISKAYDRVNWAYLDAVLRRWVFVINGVDGCVCVSKLFPMTCLSAMVKHETARGSMHGVKMGHDGPFISHLMFADDCLFFCRATAQECEVLKRVLRDYEEASGQAINLQKSSIFFSSNVDEALRADISSIMGGWHNKKLSKAGNEILIKGVAQALPSFCMGIFSLPIGLTDELERMLNSFWWGNNAEVGKGIKWLKWERMCIDKKLGGLGFRSLQLLNVAMLGKTCWRLIEEPKTLMCQVLHAKYYPNGDFLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器