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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003610

染色体: Chr07 坐标: 42340993-42347296 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003610
名称SmilChr07G003610
描述cellulose synthase-like protein D3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42340993 - 42347296 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993098
GeneID130993098
locus_tag-
NCBI NameLOC130993098
原始查询LOC130993098

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cellulose synthase-like protein D3
产物cellulose synthase-like protein D3
ArabidopsisAT3G03050 (CSLD3)
cellulose synthase-like D3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821148]
identity=81; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0111800 (OsCSLD2)
-
identity=80.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009833 (plant-type primary cell wall biogenesis); GO:0016760 (cellulose synthase (UDP-forming) activity); GO:0030244 (cellulose biosynthetic process); GO:0051753 (mannan synthase activity)
KEGG-
PfamPF03552 (Cellulose_synt); PF14570 (zf-RING_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773805.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057773805.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057773805.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773805.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773805.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42342665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B42,B43
Chr7:42342715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:42342978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:42343130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr7:42344090 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B93
Chr7:42344090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:42344103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr7:42344450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B84,C49,C79,D1
Chr7:42344643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C57
Chr7:42345381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:42345670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:42346000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773805.1
1148 aa
N
1
574
1148
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 127-176 aa PF03552 Cellulose_synt 380-1136 aa
XP_057773807.1
1148 aa
N
1
574
1148
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 127-176 aa PF03552 Cellulose_synt 380-1136 aa
XP_057773808.1
1148 aa
N
1
574
1148
zf-RING_4
Cellulose_synt
C
PF14570 zf-RING_4 127-176 aa PF03552 Cellulose_synt 380-1136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773805.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 127 176 1.7e-16 60.4 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057773805.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 380 1136 0 1260.6 Cellulose synthase
XP_057773807.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 127 176 1.7e-16 60.4 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057773807.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 380 1136 0 1260.6 Cellulose synthase
XP_057773808.1 Pfam PF14570 zf-RING_4 Domain 127 176 1.7e-16 60.4 RING/Ubox like zinc-binding domain
XP_057773808.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 380 1136 0 1260.6 Cellulose synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917824.1
TGTTCGAAATGCGTTTGTTACCCTCAATCTTCGCCTCACTGTCCGAGCCATCCCTATCAACACCTTCTTCTTCCACATTTCAATTTCAAAAAACAAGCACCAAAAAACGGCAAAAAGGAAAAGATAAAGTGCAATTCTTCGCTTCAACACTGTGCCCAGCAGCAGCATATTGCGCCTCTGTTTCACATTCAACAGCACAAAGCAAGACAAATACACCCCACTTTTATTCTTCAAAGTTTCTACTCAGATCGAACACTCTA...
XM_057917822.1
TCTTCTTCCACATTTCAATTTCAAAAAACAAGCACCAAAAAACGGCAAAAAGGAAAAGATAAAGTGCAATTCTTCGCTTCAACACTGTGCCCAGCAGCAGCATATTGCGCCTCTGTTTCACATTCAACAGCACAAAGCAAGACAAATACACCCCACTTTTATTCTTCAAAGTTTCTACTCAGATCGAACACTCTAAAAACCCGAAACCAACTCTTTTCGATGACCTACATAAGCTAGATTATTTCCATTTAAGTTTTTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130993098
ATGGCAGGAAGATCCTTCAGGCCCTCTGATTCGCAGCCGGGGAGGGGCCCGATTCCTCCCAGCGTAACGTTTACAAGAAGAACATCGTCAGGCAGATATGTGAACTTGTCAAGGGAAAGTCTTGATAGCGAGATAAGTGGTGTGGAGTTTGCGGAGTACACAGTGCATATACCGCCAACACCTGATAATCAACCAATGGATTCTTTGGCCATTAGGGGGGATCCTCCGATTTCACAGAGGGTCGAGGAGCAATATGTGTC...
LOC130993098
ATGGCAGGAAGATCCTTCAGGCCCTCTGATTCGCAGCCGGGGAGGGGCCCGATTCCTCCCAGCGTAACGTTTACAAGAAGAACATCGTCAGGCAGATATGTGAACTTGTCAAGGGAAAGTCTTGATAGCGAGATAAGTGGTGTGGAGTTTGCGGAGTACACAGTGCATATACCGCCAACACCTGATAATCAACCAATGGATTCTTTGGCCATTAGGGGGGATCCTCCGATTTCACAGAGGGTCGAGGAGCAATATGTGTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773805.1
MAGRSFRPSDSQPGRGPIPPSVTFTRRTSSGRYVNLSRESLDSEISGVEFAEYTVHIPPTPDNQPMDSLAIRGDPPISQRVEEQYVSSSLFTGGYNSVTRAHLMDKVIESEANHPQMAGAKGSSCAIQGCDGKVMSDERGEDILPCECDFKICRDCFVDSVKAGGGICPGCKEPYKNTELPDESGEPGQPLPLPSNAGMSKMERRLSLMKSANRSAIVRSQSGLMRSQTGVDFDHNRWLFETKGTYGYGNAIWPKDGGFS...
XP_057773807.1
MAGRSFRPSDSQPGRGPIPPSVTFTRRTSSGRYVNLSRESLDSEISGVEFAEYTVHIPPTPDNQPMDSLAIRGDPPISQRVEEQYVSSSLFTGGYNSVTRAHLMDKVIESEANHPQMAGAKGSSCAIQGCDGKVMSDERGEDILPCECDFKICRDCFVDSVKAGGGICPGCKEPYKNTELPDESGEPGQPLPLPSNAGMSKMERRLSLMKSANRSAIVRSQSGLMRSQTGVDFDHNRWLFETKGTYGYGNAIWPKDGGFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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