当前解析结果
SmilChr07G002039| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002039 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002039 |
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 45 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 18508751 - 18511357 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993122 |
|---|---|
| GeneID | 130993122 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993122 |
| 原始查询 | LOC130993122 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 45 |
| 产物 | serine carboxypeptidase-like 45 |
| Arabidopsis | AT1G28110 (SCPL45)serine carboxypeptidase-like 45 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839704] identity=77; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0522900 (OsSCP63)- identity=72; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993122 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057773858.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057773858.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773858.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773858.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773858.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:18509205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B103,B104,B47,C87 |
Chr7:18509228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C53 |
Chr7:18509878 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,C45 |
Chr7:18510066 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C63,C87 |
Chr7:18510407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:18510428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr7:18510663 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B44,C63,C87 |
Chr7:18510805 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C2 |
Chr7:18511131 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,C50,C57,C79,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773858.1PF00450
Peptidase_S10 35-453 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773858.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 35 | 453 | 1.4e-124 | 417.4 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。