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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002039

染色体: Chr07 坐标: 18508751-18511357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002039
名称SmilChr07G002039
描述serine carboxypeptidase-like 45
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18508751 - 18511357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993122
GeneID130993122
locus_tag-
NCBI NameLOC130993122
原始查询LOC130993122

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine carboxypeptidase-like 45
产物serine carboxypeptidase-like 45
ArabidopsisAT1G28110 (SCPL45)
serine carboxypeptidase-like 45 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839704]
identity=77; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0522900 (OsSCP63)
-
identity=72; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00450 (Peptidase_S10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057773858.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057773858.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773858.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773858.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773858.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18509205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B103,B104,B47,C87
Chr7:18509228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C53
Chr7:18509878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C45
Chr7:18510066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C87
Chr7:18510407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:18510428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr7:18510663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B44,C63,C87
Chr7:18510805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C2
Chr7:18511131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,C50,C57,C79,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773858.1
460 aa
N
1
230
460
Peptidase_S10
C
PF00450 Peptidase_S10 35-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773858.1 Pfam PF00450 Peptidase_S10 Domain 35 453 1.4e-124 417.4 Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917875.1
TGTGTGAACCTTTTCACAAGACAACAAGAGAACAAGGTAGAGGGGGGACTACAAATACAATTGTAGTCTGCAAGAAATCAGAGCCCAGTTTTTTCCATTCCCTTTTATCATATACTTGTTGATTCACACAGCTCACGCACTGCCAGAGAACCAAAATTTTCACATTGCGGAACCATTTTTGAACCTTTCTTCATCTCACATCACAATCAGATAATCTCCAAAACGACAAAACCTAATTCAATAATGACAAGAAAAGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993122
ATGGCCACCATTGTAAAGATCGTAGCTTTTTTCGCTTTACTGGCACATTCAGCTAAGTCTTCTTCTTCTTCTCTGTCTGCTGCTGACAGAATATCTGAGCTTCCTGGGCAGCCCCGAGTTAGTTTCCAGCATTATTCCGGCTACGTATCTGTTGATCAAAAGGAGGAGAGAGCTCTCTTCTACTACTTTGTTGAAGCTGAGATTGAGCCTGCGTCCAAGCCTCTTGTTTTATGGTTGAATGGAGGTCCTGGTTGTTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773858.1
MATIVKIVAFFALLAHSAKSSSSSLSAADRISELPGQPRVSFQHYSGYVSVDQKEERALFYYFVEAEIEPASKPLVLWLNGGPGCSSLGVGAFSENGPFRPSGNGLVRNEHSWNREANILYLESPIGVGFSYAANSSSYDGVNDKITARDNLVFLRNWFLKFPQYKDRSLYITGESYAGHYIPQLAELMLQFNKKRKEFNLRGIALGNPVLEFATDFNSRAEFFWSHGLISDTTYRMFTSSCNYSRYVSEYYRGSLSPIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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