Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002044

染色体: Chr07 坐标: 18537071-18539920 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002044
名称SmilChr07G002044
描述inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase CORYNE
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向18537071 - 18539920 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993127
GeneID130993127
locus_tag-
NCBI NameLOC130993127
原始查询LOC130993127

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase CORYNE
产物inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase CORYNE
ArabidopsisAT5G13290 (CRN)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831170]
identity=60.6; qcov=0.879; evalue=1.8e-142; confidence=high
RiceOs01g0927500
-
identity=49.3; qcov=0.891; evalue=1.7e-110; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773873.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773873.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773873.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773873.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773873.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:18537566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:18537635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:18537683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C77
Chr7:18538147 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr7:18538147 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B45
Chr7:18538157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:18538192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:18538268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C71
Chr7:18538301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:18538399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B45
Chr7:18538604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C77,D11
Chr7:18538643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B81,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773873.1
412 aa
N
1
206
412
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 144-403 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 145-351 aa
XP_057773874.1
412 aa
N
1
206
412
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 144-403 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 145-351 aa
XP_057773875.1
396 aa
N
1
198
396
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 144-307 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 145-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773873.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 403 3.2e-26 93.0 Protein kinase domain
XP_057773873.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 145 351 1.4e-22 80.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773874.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 403 3.2e-26 93.0 Protein kinase domain
XP_057773874.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 145 351 1.4e-22 80.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773875.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 307 1.8e-16 61.1 Protein kinase domain
XP_057773875.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 145 290 1.3e-13 51.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917890.1
AACTAAAGTAATACGACGATGGTTTCTACACTAATTAATCAGATATGCAGTTCGCACCTCTGTTTTGAATTCAATATGCATCTCATGCAAGCTAAACACAAAAATACTAGTATCTTGTTCATATGAGAAGAATAACTTTTATGGTAACACTTTATACAAATTTTATTATAAATAATGGTTATGTGAAAAATTCAAATTTCAAAAAGTGTAAAGTGGTTATGGTTAAGGTTTAGGAAGCGTCAAGAGGCCAAGGCACAGCA...
XM_057917891.1
AAAGTAATACGACGATGGTTTCTACACTAATTAATCAGATATGCAGTTCGCACCTCTGTTTTGAATTCAATATGCATCTCATGCAAGCTAAACACAAAAATACTAGTATCTTGTTCATATGAGAAGAATAACTTTTATGGTAACACTTTATACAAATTTTATTATAAATAATGGTTATGTGAAAAATTCAAATTTCAAAAAGTGTAAAGTGGTTATGGTTAAGGTTTAGGAAGCGTCAAGAGGCCAAGGCACAGCAAAAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130993127
ATGGTTATCTGGGATTCTTTATTTCATGAGAGGTTTTGCTTTCATCTTTTAGCTCATAACTGTGTTTCTATGGAGGAAGTTGGTGCAAGCAAGGCATTGGAGATGGTTGTGTTGGTAGCTTTTTGTGTGAATATAGTTTCTGCTGAATGCGTAGATAGGCTGAGCAAGAACTTCTCCGGCGAGGCTCCGCCGGCGCTGGGGCCGTCCAGCCTCAGGAGTAGGCTGAGGAGGATTTTCTTGAGCATAGCATTAGGGATTGT...
LOC130993127
ATGGTTATCTGGGATTCTTTATTTCATGAGAGGTTTTGCTTTCATCTTTTAGCTCATAACTGTGTTTCTATGGAGGAAGTTGGTGCAAGCAAGGCATTGGAGATGGTTGTGTTGGTAGCTTTTTGTGTGAATATAGTTTCTGCTGAATGCGTAGATAGGCTGAGCAAGAACTTCTCCGGCGAGGCTCCGCCGGCGCTGGGGCCGTCCAGCCTCAGGAGTAGGCTGAGGAGGATTTTCTTGAGCATAGCATTAGGGATTGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773873.1
MVIWDSLFHERFCFHLLAHNCVSMEEVGASKALEMVVLVAFCVNIVSAECVDRLSKNFSGEAPPALGPSSLRSRLRRIFLSIALGIVTGLICALLLALLFRHFVKYVNRAPILKGPVLFSPRISVRTLRSALSNSSELLSSSPTGKYYKAVLDNGLVVAVKRLEPDCGAGARGKALKKKMQKELVVLASLRHRNLMSLRAYVCESSGYSLVYDFAPTGSLEDAMRRVRENQLELKWESRLRVAVGIVKGLYYLHFTCDPR...
XP_057773874.1
MVIWDSLFHERFCFHLLAHNCVSMEEVGASKALEMVVLVAFCVNIVSAECVDRLSKNFSGEAPPALGPSSLRSRLRRIFLSIALGIVTGLICALLLALLFRHFVKYVNRAPILKGPVLFSPRISVRTLRSALSNSSELLSSSPTGKYYKAVLDNGLVVAVKRLEPDCGAGARGKALKKKMQKELVVLASLRHRNLMSLRAYVCESSGYSLVYDFAPTGSLEDAMRRVRENQLELKWESRLRVAVGIVKGLYYLHFTCDPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器