当前解析结果
SmilChr01G003444| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003444 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003444 |
| 描述 | dehydrin ERD14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 53010682 - 53013283 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993139 |
|---|---|
| GeneID | 130993139 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993139 |
| 原始查询 | LOC130993139 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydrin ERD14-like |
| 产物 | dehydrin ERD14-like |
| Arabidopsis | AT1G20440 (COR47)cold-regulated 47 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838632] identity=35.8; qcov=1.17; evalue=1.22e-19; confidence=low |
| Rice | Os02g0669100 (LIP9)- identity=43.5; qcov=0.498; evalue=5.87e-06; confidence=low |
| GO | GO:0009415 (response to water); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00257 (Dehydrin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993139 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057773905.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773905.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773905.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773905.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773905.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:53011249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B123 |
Chr1:53011256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B93,C75 |
Chr1:53011339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B117,B44,B93,C75 |
Chr1:53012783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr1:53012851 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr1:53012875 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B4 |
Chr1:53012875 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773905.1PF00257
Dehydrin 39-156 aa
PF00257
Dehydrin 142-202 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773905.1 |
Pfam | PF00257 |
Dehydrin | Family | 39 | 156 | 5.9e-30 | 105.5 | Dehydrin |
XP_057773905.1 |
Pfam | PF00257 |
Dehydrin | Family | 142 | 202 | 5.9e-30 | 105.5 | Dehydrin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。