Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002060`

染色体: Chr07 坐标: 18746407-18751276 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002060`
名称	SmilChr07G002060
描述	putative disease resistance protein At1g50180
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	18746407 - 18751276 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993142`
GeneID	`130993142`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993142`
原始查询	`LOC130993142`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance protein At1g50180
产物	putative disease resistance protein At1g50180
Arabidopsis	`AT1G50180` (AT1G50180) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440] identity=37.5; qcov=0.998; evalue=2.26e-84; confidence=medium
Rice	`Os11g0633500` - identity=30.2; qcov=1.01; evalue=1.51e-57; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13191 (AAA_16); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993142

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057773904.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773904.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773904.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773904.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773904.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:18746598`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	37	A16,A21,B109,B115,B122,B124,B129,B131,B133,B138,B140,B15,B2,B20,B31,B33,B34,B37,B45,B59,B68,B99,C14,C18,C3,C39,C42,C47,C5,C63,C71,C73,C82,C87,D10,D11,D3
`Chr7:18746609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:18746612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:18746673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C30,D9
`Chr7:18746696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr7:18746708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C30,D9
`Chr7:18746756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C50
`Chr7:18746763`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A24,C35,C40,C81
`Chr7:18746763`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A24,C35,C40,C81
`Chr7:18746785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:18746800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B33,B52
`Chr7:18746829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	B109,B124,B129,B131,B133,B15,B2,B20,B33,B37,B72,B99,C18,C42,C47,C5,C71,C82,C87,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773904.1

505 aa

252

505

Rx_N

AAA_16

NB-ARC

WHD_DRP

PF18052 Rx_N 5-87 aa PF13191 AAA_16 167-286 aa PF00931 NB-ARC 171-346 aa PF23559 WHD_DRP 433-489 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773904.1`	Pfam	`PF18052`	Rx_N	Domain	5	87	7.6e-16	58.7	Rx N-terminal domain
`XP_057773904.1`	Pfam	`PF13191`	AAA_16	Domain	167	286	1.4e-10	42.7	AAA ATPase domain
`XP_057773904.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	171	346	5.7e-33	114.6	NB-ARC domain
`XP_057773904.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	433	489	8.2e-09	36.1	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091586.1
CTACTACTTTACGCGTTTGCCATGTTACGAGAGTCAAACCTCTCTCTCTTTTCTCAGACAAACTCTCCATGTCCTAAAATCAATATTTCTCAGACGAATTCAACTCCTTCGGATTCAAGTTCCTTCCTCTCACCAGTAGTAAATCAATTGTTGCGATGGCAGAAGCAGTGGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGTTGGAAGAGGGAAAGTTTTTATATGGCGTAGCCGATGAAGTGAAGGAGCTCGGG...

XR_009091587.1
CTACTACTTTACGCGTTTGCCATGTTACGAGAGTCAAACCTCTCTCTCTTTTCTCAGACAAACTCTCCATGTCCTAAAATCAATATTTCTCAGACGAATTCAACTCCTTCGGATTCAAGTTCCTTCCTCTCACCAGTAGTAAATCAATTGTTGCGATGGCAGAAGCAGTGGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGTTGGAAGAGGGAAAGTTTTTATATGGCGTAGCCGATGAAGTGAAGGAGCTCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993142
ATGGCAGAAGCAGTGGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCGCGATTTGTTGTTGGAAGAGGGAAAGTTTTTATATGGCGTAGCCGATGAAGTGAAGGAGCTCGGGTGGCAGCTGAAAGAGATGAAGTGTCTCCTCGAAGATGCTGACAGAAGGCGGCGTGAGAGCAGAACCATTTTCAATTGGATCTCGGAGATCAGAGATCTGGCAAACAGAGCCGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATCAAGTGTCTTCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773904.1
MAEAVVSTALETLRDLLLEEGKFLYGVADEVKELGWQLKEMKCLLEDADRRRRESRTIFNWISEIRDLANRAEAAIERHAAYQVSSRRRRGLRQLIRRYSCILEECYLLHQLGSEISPIKSRLERISKDMQENGIKRSIIINRDEGETSSTNINRKTFPEFEIGDCFVGMEDELKQLRNLLKQDNENRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETSFDLRAWVCISQQFESFRSVWEDVLKQLEQQNNKGVSDGPQIMKDDLLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器