当前解析结果
SmilChr07G002094| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002094 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002094 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002094 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 19053381 - 19057991 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993172 |
|---|---|
| GeneID | 130993172 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993172 |
| 原始查询 | LOC130993172 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os04g0405600; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G47860 (AT5G47860)Gut esterase (DUF1350) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834837] identity=68.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0405600- identity=73.5; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07082 (DUF1350) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993172 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057773931.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057773931.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057773931.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057773931.1 |
| 5 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057773931.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:19053779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr7:19054243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr7:19055452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr7:19055701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C46,C83 |
Chr7:19055749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,C45 |
Chr7:19056292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B85,C4 |
Chr7:19056332 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr7:19056792 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:19057721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B111,B14,C52,C77 |
Chr7:19057759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B115,B129 |
Chr7:19057788 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr7:19057847 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773931.1PF07082
DUF1350 99-366 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773931.1 |
Pfam | PF07082 |
DUF1350 | Family | 99 | 366 | 4.1e-56 | 190.8 | Protein of unknown function (DUF1350) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。