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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002104

染色体: Chr07 坐标: 19129293-19134199 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002104
名称SmilChr07G002104
描述uncharacterized SmilChr07G002104
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19129293 - 19134199 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993183
GeneID130993183
locus_tag-
NCBI NameLOC130993183
原始查询LOC130993183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841]; symbol=AT5G47900; hit=AT5G47900; species=arabidopsis; confidence=high
产物heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841]; symbol=AT5G47900; hit=AT5G47900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G47900 (AT5G47900)
heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834841]
identity=65; qcov=0.858; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0526000
-
identity=60.1; qcov=0.839; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07786 (HGSNAT_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057773945.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057773945.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057773945.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057773945.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773945.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19129861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:19130056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr7:19130155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B78
Chr7:19130800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B33,B59,C5,C72
Chr7:19132693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773945.1
466 aa
N
1
233
466
HGSNAT_cat
C
PF07786 HGSNAT_cat 72-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773945.1 Pfam PF07786 HGSNAT_cat Domain 72 196 1.7e-06 28.4 Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase, catalytic

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917962.1
TGGGTGGCCACTGTCCACTGCCCATCTCAAAAAGCCACCCACCCCTACGTTTCATGCCTTTCTATCTCTGGGGTGGGGGTAACTCATTACCCAATTCCCATATTAAATCCAAAATTCTTTTTTTCTTTCACGATTCTTTCTTCACCTTCTTCTGCCTGTCGCATTTATACAAAGTTGGCAAGAGTTTCACAATCCTAGTTTACACACAAGATATTTCAGAGTTGGACAATGATTGGATATTTGGATTGATCGCCTAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993183
ATGGCCTCGTACAAACTCATCAGAGACGGCGGCGACGAAGGGGCATTGGATTTGCGGGCTAAGAATTGCGCTCTGCGCATTGATAGCGGCGGCCATGGTGTTGATGTTGAGTCTGCTTATTTGAAGAGCAATACGCCTTCTCCTCGTTTGAGGCCGCCGGTGTTGGGCGGCGCTGGCACCGGCGGAATTGCTAAGTGCACTCCGCCGTCTGGTCGCCTAGTTTCCCTCGACGTTTTCCGCGGCCTCACTGTTGTGTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773945.1
MASYKLIRDGGDEGALDLRAKNCALRIDSGGHGVDVESAYLKSNTPSPRLRPPVLGGAGTGGIAKCTPPSGRLVSLDVFRGLTVVLMIIVDDAGGLIPSINHSPWNGLTLADFVMPFFLFMVGVSLGLVYKNMTCRVAASKKAIIRAGKLLVLGIFLQGGYFHGLNKLTYGVDLEQIRWMGILQRIAVAYWVAAMCEIWLRNDEKVDSGVSLLKKYKWQWAMAFMLSTIYLLMLYGLYVPDWEYHIPFEASSRAEVFKVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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