当前解析结果
SmilChr07G002103| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002103 |
| 描述 | UPF0481 protein At3g47200-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 19127247 - 19129416 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993185 |
|---|---|
| GeneID | 130993185 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993185 |
| 原始查询 | LOC130993185 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UPF0481 protein At3g47200-like |
| 产物 | UPF0481 protein At3g47200-like |
| Arabidopsis | AT3G50120 (AT3G50120)transmembrane protein, putative (DUF247) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824174] identity=36; qcov=1.05; evalue=1.66e-101; confidence=medium |
| Rice | Os12g0481000- identity=44.6; qcov=1.03; evalue=6.24e-134; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03140 (DUF247) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993185 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773946.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773946.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773946.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773946.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773946.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:19127762 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C66 |
Chr7:19128076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr7:19128240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773946.1PF03140
DUF247 33-444 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773946.1 |
Pfam | PF03140 |
DUF247 | Family | 33 | 444 | 1.2e-118 | 397.6 | Plant protein of unknown function |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。