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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002110

染色体: Chr07 坐标: 19214717-19219518 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002110
名称SmilChr07G002110
描述STOREKEEPER protein-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向19214717 - 19219518 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993193
GeneID130993193
locus_tag-
NCBI NameLOC130993193
原始查询LOC130993193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述STOREKEEPER protein-like
产物STOREKEEPER protein-like
ArabidopsisAT5G28040 (AT5G28040)
DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832874]
identity=33.3; qcov=0.216; evalue=5.37e-11; confidence=weak
RiceOs07g0636100
-
identity=33; qcov=0.194; evalue=7.06e-10; confidence=weak
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04504 (GeBP-like_DBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773958.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773958.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773958.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773958.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773958.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:19215216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:19215218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr7:19215638 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr7:19215638 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B41
Chr7:19216414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B101,C5,D7
Chr7:19216466 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B109,B24,B33,B36,B37,B59,C5,C53,C72,D11
Chr7:19216470 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B109,B24,B33,B36,B37,B59,C5,C53,C72,D11
Chr7:19218099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773958.1
519 aa
N
1
260
519
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 101-191 aa
XP_057773959.1
503 aa
N
1
252
503
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 101-191 aa
XP_057773960.1
500 aa
N
1
250
500
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 101-191 aa
XP_057773961.1
499 aa
N
1
250
499
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 101-191 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773958.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 101 191 8.6e-20 72.0 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain
XP_057773959.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 101 191 1.2e-19 71.5 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain
XP_057773960.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 101 191 1.2e-19 71.5 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain
XP_057773961.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 101 191 1.2e-19 71.6 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917978.1
TTAACATAAATAAATCTCATTATCCAAAATGTCCAAAATAAATATACAACCTCTTTTTTATAACAACAAATTAAATATTTTGAAAACGTTTGGTAAAATACTTTAATTCATAAAAGAATTATTTTTAGCGCCTCAATATAATTTTGAGTGCTTATGAATTGTGGAGGGGGAAATATATCGAAGAAAGGCACTATTGGGGCTATTCTGCCGAGTGCTCTCTCTCTCTCTCTCAACCCACACGCAACGCAACGCAAACGGTG...
XM_057917976.1
TTAACATAAATAAATCTCATTATCCAAAATGTCCAAAATAAATATACAACCTCTTTTTTATAACAACAAATTAAATATTTTGAAAACGTTTGGTAAAATACTTTAATTCATAAAAGAATTATTTTTAGCGCCTCAATATAATTTTGAGTGCTTATGAATTGTGGAGGGGGAAATATATCGAAGAAAGGCACTATTGGGGCTATTCTGCCGAGTGCTCTCTCTCTCTCTCTCAACCCACACGCAACGCAACGCAAACGGTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993193
ATGGCTCCCAAAAACCTCGCATCCAGTAAAAGAAGACCCAAACAAGACGATATGCCAACTCCAGCTTACGCTAAAGAGCAATCCGACCAAGGAGCCGGTTCCAATTCCGCCAGCGGAGCAGCAGGAAAAGCCGCCACGATACTCGTGCCGGCGAAGAAACCCAAATTCGCCACGCCCTTCAAACAGCCAGCACCGGAACCCGTCGAAAACGGTTCTGCATGCTCCTCACCATCCGCATCCGGCTTCATTATAGCGCCCTC...
LOC130993193
ATGGCTCCCAAAAACCTCGCATCCAGTAAAAGAAGACCCAAACAAGACGATATGCCAACTCCAGCTTACGCTAAAGAGCAATCCGACCAAGGAGCCGGTTCCAATTCCGCCAGCGGAGCAGCAGGAAAAGCCGCCACGATACTCGTGCCGGCGAAGAAACCCAAATTCGCCACGCCCTTCAAACAGCCAGCACCGGAACCCGTCGAAAACGGTTCTGCATGCTCCTCACCATCCGCATCCGGCTTCATTATAGCGCCCTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773958.1
MAPKNLASSKRRPKQDDMPTPAYAKEQSDQGAGSNSASGAAGKAATILVPAKKPKFATPFKQPAPEPVENGSACSSPSASGFIIAPSQKPRREKKTTPVAKVFTDDDVISLLKGLAVFWANGRNNKWAEFHHFVKDDLPNQFTKTQVSEKIRNLKKKFDANVGRARANGGRIFLSDPHESAVFELSKALWGDDSGIAQEKGGLSENGDGEVLENDEGSKSRKKRKQVGEHGEETEKMRKREHGIEEVFKEGGEGEAANAV...
XP_057773959.1
MAPKNLASSKRRPKQDDMPTPAYAKEQSDQGAGSNSASGAAGKAATILVPAKKPKFATPFKQPAPEPVENGSACSSPSASGFIIAPSQKPRREKKTTPVAKVFTDDDVISLLKGLAVFWANGRNNKWAEFHHFVKDDLPNQFTKTQVSEKIRNLKKKFDANVGRARANGGRIFLSDPHESAVFELSKALWGDDSGIAQEKGGLSENGDGEVLENDEGSKSRKKRKQVGEHGEETEKMRKREHGIEEVFKEGGEGEAANAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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