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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002130`

染色体: Chr07 坐标: 19469141-19474215 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002130`
名称	SmilChr07G002130
描述	E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	19469141 - 19474215 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993212`
GeneID	`130993212`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993212`
原始查询	`LOC130993212`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related-like
产物	E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related-like
Arabidopsis	`AT3G19910` (AT3G19910) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821529] identity=59.1; qcov=0.875; evalue=6.87e-88; confidence=high
Rice	`Os09g0535100` - identity=54.7; qcov=0.927; evalue=1.99e-77; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF14634 (zf-RING_5); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774003.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774003.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057774003.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774003.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774003.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:19473973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774003.1

288 aa

144

288

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-RING_5

PF12678 zf-rbx1 233-278 aa PF13639 zf-RING_2 236-278 aa PF17123 zf-RING_11 238-265 aa PF00097 zf-C3HC4 238-278 aa PF13923 zf-C3HC4_2 238-278 aa PF14634 zf-RING_5 238-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	233	278	3.6e-10	40.7	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	236	278	2.3e-13	50.9	Ring finger domain
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	238	265	4.9e-08	33.3	RING-like zinc finger
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	238	278	8.4e-08	32.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	238	278	1.2e-07	32.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057774003.1`	Pfam	`PF14634`	zf-RING_5	Domain	238	279	7.7e-08	32.9	zinc-RING finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918020.1
CGGTATAAAAGGGAATTTGAAACTACGCTACGCTGCCCTCATTCAAACAGAATATCCAAAATCGCACTACTTTCTTGCTCAATAATAATAATAATAATTCGTCTTCGTAGATCTCCTGCAACACGCATACGCCCCAATTCCGCCCTCCCAAATCACTTGTTTCTGGATTTTGGGCGAATCGTGATGGAGAACACCAATGATAAGGCTGATTCCGCCAACACCGCCGCTCAAGAAAACCCCAACAATCACTGCAATCCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993212
ATGGAGAACACCAATGATAAGGCTGATTCCGCCAACACCGCCGCTCAAGAAAACCCCAACAATCACTGCAATCCTAGCAACGACAATGATAACCCTCTCGGCGCCGACGTCACCGGGAATCGCCCCCGGAGAACTCCCTTCACCGACCTCAGTCAAGTCGACGCCGATCTTGCACTTGCTCGTACTCTACAAGAACAGGAAAGAGCTTATATGATGTTGAGAATGGGAGGCGATGGTGGCAGTGATTATGGAAGTTGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774003.1
MENTNDKADSANTAAQENPNNHCNPSNDNDNPLGADVTGNRPRRTPFTDLSQVDADLALARTLQEQERAYMMLRMGGDGGSDYGSWEAESYEHGDDFDGASEEDYDESDVEVDNAEGHVFDMHAHAAGEDDDDQDVEYDPFAFPDDEEFARTLQASEELLLALAVLNESEYEDEEDHGGNSQDAWEEVDPDELSYEELLALGEVVGTESRGLSAETIASLPSVNYKSQGNQEGISDSCVICRLDFEDDDALILLSCKHSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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