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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003410

染色体: Chr01 坐标: 52755441-52757786 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003410
名称SmilChr01G003410
描述G-box-binding factor 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52755441 - 52757786 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993221
GeneID130993221
locus_tag-
NCBI NameLOC130993221
原始查询LOC130993221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-box-binding factor 4-like
产物G-box-binding factor 4-like
ArabidopsisAT1G03970 (GBF4)
G-box binding factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839356]
identity=47.9; qcov=1.03; evalue=7.67e-38; confidence=medium
RiceOs01g0867300 (BZIP12)
-
identity=37.6; qcov=1.17; evalue=2.3e-28; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774017.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774017.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774017.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774017.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057774017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52756013 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C63
Chr1:52756013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:52757060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:52757296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C60
Chr1:52757400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B33,B57,B86,C57
Chr1:52757452 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A19,B117
Chr1:52757452 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 A19,B117
Chr1:52757529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774017.1
180 aa
N
1
90
180
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 101-149 aa PF00170 bZIP_1 101-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774017.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 101 149 1.4e-09 38.6 Basic region leucine zipper
XP_057774017.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 101 156 1.7e-10 41.6 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918034.1
ATAAATTTATCTATAAAAATAAACGAACCATAAAAAGAAAATATAAGAAAAAAGATATGGAGCCGCCGGAAGCAAAACCGATCTGAAAGTGAACCGAATATTCACCATCGGCATTCGGCGGTGTCTCTACTAACTCTGCACTAAACGCCATCACTATCTTTATCTCAGATACTATTGGTCAACACAATTGCAACCACATAAGTTTCAGCTGAAAAAACAAAGGAAGACAATCTGATTCCGCCGTCAAGGTCCATGTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993221
ATGTCGCCGGACAATTCGGAGCCGCCCAGAACTGGAAAGAGGTCGGCCGATGACGTGTGGAAGGAGATCATGGCTGGAACCCAGCCGAAGAAGGAGATGATGACCTTGGAAGATTTCCTGCTGAAGGCCGAAGAGGCGGCTTCCACCGGCGCCGCCGCCGCGGTGAAGCTGAAGGAAGAAGGAGGATCGATTGGGGGGATTTTCGATTATATGAATTCCGTCGAGGAGGGGGGCGATGCAAGAGCGAGGGCCAAGAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774017.1
MSPDNSEPPRTGKRSADDVWKEIMAGTQPKKEMMTLEDFLLKAEEAASTGAAAAVKLKEEGGSIGGIFDYMNSVEEGGDARARAKRSFSLSAAPGKAVELRERRMIKNRESAARSRERKQAYEAELESMAVKLEEENDILLKEKAERKKKRLKKLMQSVIPVTDMRRPPRILRRSGSMQW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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