Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002154`

染色体: Chr07 坐标: 19718288-19721958 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002154`
名称	SmilChr07G002154
描述	prefoldin subunit 5
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	19718288 - 19721958 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993247`
GeneID	`130993247`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993247`
原始查询	`LOC130993247`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	prefoldin subunit 5
产物	prefoldin subunit 5
Arabidopsis	`AT5G23290` (PFD5) prefoldin 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832393] identity=71.2; qcov=0.986; evalue=4.31e-74; confidence=high
Rice	`Os10g0488100` - identity=74.2; qcov=0.993; evalue=3.18e-78; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0006457 (protein folding); GO:0016272 (prefoldin complex); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG	-
Pfam	PF02996 (Prefoldin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774056.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774056.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057774056.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057774056.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774056.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:19718420`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A20,B115,B26,B75,C24,C56,C69
`Chr7:19718443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774056.1

148 aa

148

Prefoldin

PF02996 Prefoldin 27-142 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774056.1`	Pfam	`PF02996`	Prefoldin	Coiled-coil	27	142	2.1e-28	99.4	Prefoldin subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918073.1
AGTGGAATTGGAGGAGTGGAATTCGCAGCGGTGAGAAAAAATGGCGGCGACACCGCGTATGGAGTTGGAGAAGATGAGCGTGGAGCACCTGAGGGGCTTGAAAGAGCAGGTCGATATGGAGGTCAATCTACTCCAAGACAGTCTCAACAACATCCGCTCCGCCAATGCCCGCCTCGAGATCGCCTCCGCCGCCCTCCACGACCTCTCCGTCCGCCCCGAAGGGAAGAAGATGCTGGTGCCATTGACGGCGTCGCTGTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993247
ATGGCGGCGACACCGCGTATGGAGTTGGAGAAGATGAGCGTGGAGCACCTGAGGGGCTTGAAAGAGCAGGTCGATATGGAGGTCAATCTACTCCAAGACAGTCTCAACAACATCCGCTCCGCCAATGCCCGCCTCGAGATCGCCTCCGCCGCCCTCCACGACCTCTCCGTCCGCCCCGAAGGGAAGAAGATGCTGGTGCCATTGACGGCGTCGCTGTACGTGCCGGGAAAGCTGGATGATGCGGAGAAGGTCTTGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774056.1
MAATPRMELEKMSVEHLRGLKEQVDMEVNLLQDSLNNIRSANARLEIASAALHDLSVRPEGKKMLVPLTASLYVPGKLDDAEKVLVDVGTGYFIEKTMVEGKDYCERKIALLKLNYDQLLEVAAKKRSIADEAGAVLQAKLKHMVPAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器