当前解析结果
SmilChr07G002183| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002183 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002183 |
| 描述 | putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 20043026 - 20044302 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993265 |
|---|---|
| GeneID | 130993265 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993265 |
| 原始查询 | LOC130993265 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910 |
| 产物 | putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910 |
| Arabidopsis | AT3G02910 (AT3G02910)AIG2-like (avirulence induced family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821189] identity=58.8; qcov=1.02; evalue=2.12e-72; confidence=high |
| Rice | Os03g0854000- identity=66; qcov=0.936; evalue=1.75e-77; confidence=high |
| GO | GO:0061929 (gamma-glutamylaminecyclotransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06094 (GGACT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993265 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057774075.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057774075.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057774075.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057774075.1 |
| 5 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057774075.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:20043477 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr7:20043594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C68,D11 |
Chr7:20043792 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr7:20043890 |
C |
CGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 49 | A14,A20,A22,A8,B100,B102,B105,B107,B110,B112,B120,B121,B128,B132,B25,B35,B36,B41,B42,B43,B47,B58,B64,B68,B73,B76,B78,B82,B87,B88,B91,C19,C24,C27,C30,C34,C42,C45,C5,C50,C52,C53,C57,C59,C61,C71,C82,C9,D9 |
Chr7:20043891 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 49 | A14,A20,A22,A8,B100,B102,B105,B107,B110,B112,B120,B121,B128,B132,B25,B35,B36,B41,B42,B43,B47,B58,B64,B68,B73,B76,B78,B82,B87,B88,B91,C19,C24,C27,C30,C34,C42,C45,C5,C50,C52,C53,C57,C59,C61,C71,C82,C9,D9 |
Chr7:20043912 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr7:20043924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,B22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774075.1PF06094
GGACT 10-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774075.1 |
Pfam | PF06094 |
GGACT | Family | 10 | 116 | 3.1e-20 | 73.6 | Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。