当前解析结果
SmilChr07G002233| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002233 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002233 |
| 描述 | transcription termination factor MTERF8, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 20534193 - 20536188 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993315 |
|---|---|
| GeneID | 130993315 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993315 |
| 原始查询 | LOC130993315 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription termination factor MTERF8, chloroplastic |
| 产物 | transcription termination factor MTERF8%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT5G54180 (PTAC15)plastid transcriptionally active 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835506] identity=53.5; qcov=0.871; evalue=8.36e-158; confidence=high |
| Rice | Os02g0602400- identity=27.5; qcov=0.484; evalue=1.45e-16; confidence=low |
| GO | GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02536 (mTERF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993315 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057774131.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057774131.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774131.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774131.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774131.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:20534468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B120,B30,C34,C50 |
Chr7:20534732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:20535095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:20535107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr7:20535508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774131.1PF02536
mTERF 77-366 aa
PF02536
mTERF 342-487 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774131.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 77 | 366 | 2.9e-47 | 161.8 | mTERF |
XP_057774131.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 342 | 487 | 2.9e-47 | 161.8 | mTERF |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。