Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002250`

染色体: Chr07 坐标: 20668760-20672236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002250`
名称	SmilChr07G002250
描述	uncharacterized SmilChr07G002250
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20668760 - 20672236 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993332`
GeneID	`130993332`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993332`
原始查询	`LOC130993332`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0307600` - identity=25; qcov=0.268; evalue=1.28e-08; confidence=weak
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993332

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774163.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057774163.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057774163.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774163.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774163.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20669133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr7:20669830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:20669963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,C84,D11,D3
`Chr7:20670058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:20671788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:20671922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,D10
`Chr7:20672085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A21,A7,B125,B42,B47,B65,C13,C65,C76,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774163.1

760 aa

380

760

DUF8566

Peptidase_C48

PF29561 DUF8566 2-183 aa PF02902 Peptidase_C48 550-685 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774163.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	2	183	9.3e-41	140.6	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057774163.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	550	685	1.3e-06	29.2	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918180.1
AAACAAGGTGTATTCAGGGTTTATAAAAGAAGAACCCCGAAACTTCCAACTCTCAATACACGAACAACACCGGCCGCTTTCCATGATGCACTTCTTAAACTGAATGATGCACAAATGTCCGCTGTAAGAGATATTGGATTTGGGAGTATTTTGGACTTGAAAGTCAAAGATTTGCCAGGGGGGTTGGGATACTGGATTCTGAAAAAGTTCAATCCTCAGACTTTTGAAATTGAAGTTGATGCAATGAGGAGATTTAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993332
ATGTCCGCTGTAAGAGATATTGGATTTGGGAGTATTTTGGACTTGAAAGTCAAAGATTTGCCAGGGGGGTTGGGATACTGGATTCTGAAAAAGTTCAATCCTCAGACTTTTGAAATTGAAGTTGATGCAATGAGGAGATTTAAGGTCACGAAAAGTGATGTTTATCGAGTGTTTGGATTCCCTAGGGGTAAGCAATTCATTGAAGTATTCCAGCGGCAATCAACTAGTGACATATTTGAGCAATGGTTTTTATTTTTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774163.1
MSAVRDIGFGSILDLKVKDLPGGLGYWILKKFNPQTFEIEVDAMRRFKVTKSDVYRVFGFPRGKQFIEVFQRQSTSDIFEQWFLFFGVDNRDKIKIGVVLKHMLACKSGGTWFKRHFMIAMGFSLFENCPNGTVHPFILGCLKDLTGLRRWNWAEYMLSSLKQHTCSWMKGESSVYAGPALFLILVYVDRLSLPGIETMRDLPLIKNWSSDALRERQRMERKKEYIGKGIIQSPIQVPSVYGDDIDENAITNEEKAWTNM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器