Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002261`

染色体: Chr07 坐标: 20811769-20814651 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002261`
名称	SmilChr07G002261
描述	probable 6-phosphogluconolactonase 4, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	20811769 - 20814651 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993343`
GeneID	`130993343`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993343`
原始查询	`LOC130993343`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable 6-phosphogluconolactonase 4, chloroplastic
产物	probable 6-phosphogluconolactonase 4%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G24400` (EMB2024) NagB/RpiA/CoA transferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832511] identity=57.2; qcov=1.03; evalue=4.74e-126; confidence=high
Rice	`Os09g0529100` - identity=72.2; qcov=0.803; evalue=6.32e-133; confidence=high
GO	GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006098 (pentose-phosphate shunt); GO:0017057 (6-phosphogluconolactonase activity)
KEGG	smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01182 (Glucosamine_iso)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993343

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057774181.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057774181.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774181.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774181.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774181.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:20811936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr7:20811957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B111,B140,B26,C39
`Chr7:20811965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B28,B65,C12
`Chr7:20811966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B113
`Chr7:20811975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B2,B25,C15,C21
`Chr7:20812116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B25,C15,C21
`Chr7:20814233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B86,C17,C76
`Chr7:20814362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774181.1

314 aa

157

314

Glucosamine_iso

PF01182 Glucosamine_iso 75-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774181.1`	Pfam	`PF01182`	Glucosamine_iso	Domain	75	304	1.1e-73	248.5	Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918198.1
ATTGAGGGCAGAAGCAAACAAAAATGGAAGGTTGTAAAAGTGGCAGAACCCCCACGTGTGTTGGGCAGCTCGCACCGAACCCCACACTCTCACCAACTACAACTACTCTACAATCGCCGGTTTCTATATATTCGCCGCATGGCCGCCTCCTGCCGCGCTCTCTCCGCCGTTCTTCCCAATCAATCTTCCACTCGATCGCCGCAACGCCTCCCCTTCACTTCGCGCTTCCTCGCCGTCAGAGCCGCCTTCAGCTCTCTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993343
ATGGCCGCCTCCTGCCGCGCTCTCTCCGCCGTTCTTCCCAATCAATCTTCCACTCGATCGCCGCAACGCCTCCCCTTCACTTCGCGCTTCCTCGCCGTCAGAGCCGCCTTCAGCTCTCTCAGATTGAATTTGGATTCATCCAGGTTGAGGCGCGGAACAACGATAGCGTCCATGGCTGAGATTGTGACGCCGAAGAGCAAAGGGAAAGTCAAAGTGTTCGACACGGAGGAAGATCTGGCGGTGTCGCTCGCGGAATACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774181.1
MAASCRALSAVLPNQSSTRSPQRLPFTSRFLAVRAAFSSLRLNLDSSRLRRGTTIASMAEIVTPKSKGKVKVFDTEEDLAVSLAEYTADLSNKISQERDSFTVVLSGGSLVKSLRKLLEQPYIDSVDWSKWHVFWVDERVVPKDNPDSNYLLAYNEFLSKVPIPSGHVYAINDALSAEGAADDYETCLKHLVKTKTIDQSESTGLPKFDLMLMGMGPDGHIASLFPGHPLIQENKKWVSFIKESPKPPPERISFTLPVIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器