当前解析结果
SmilChr07G002262| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002262 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002262 |
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 20816555 - 20818842 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993346 |
|---|---|
| GeneID | 130993346 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993346 |
| 原始查询 | LOC130993346 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 产物 | cytochrome b5-like |
| Arabidopsis | AT5G53560 (CB5-E)cytochrome B5 isoform E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835438] identity=80.5; qcov=0.655; evalue=1.27e-79; confidence=high |
| Rice | Os10g0518200- identity=71.2; qcov=0.65; evalue=5.21e-68; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993346 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057774189.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057774189.1 |
| 3 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.40000 | XP_057774189.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774189.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774189.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:20816753 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr7:20818506 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr7:20818751 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr7:20818792 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B140,B65,C83 |
Chr7:20818792 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B140,B65,C83 |
Chr7:20818793 |
GAT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 152 | A10,A11,A15,A19,A21,A22,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B101,B103,B105,B106,B110,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B129,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B19,B2,B22,B24,B25,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B53,B54,B55,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B85,B87,B89,B9,B91,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C18,C21,C22,C24,C25,C27,C30,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C52,C53,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D4,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774189.1PF00173
Cyt-b5 78-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774189.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 78 | 149 | 1.2e-30 | 106.1 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。