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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002262

染色体: Chr07 坐标: 20816555-20818842 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002262
名称SmilChr07G002262
描述cytochrome b5-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向20816555 - 20818842 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993346
GeneID130993346
locus_tag-
NCBI NameLOC130993346
原始查询LOC130993346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome b5-like
产物cytochrome b5-like
ArabidopsisAT5G53560 (CB5-E)
cytochrome B5 isoform E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835438]
identity=80.5; qcov=0.655; evalue=1.27e-79; confidence=high
RiceOs10g0518200
-
identity=71.2; qcov=0.65; evalue=5.21e-68; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00173 (Cyt-b5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993346

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057774189.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057774189.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057774189.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774189.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774189.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:20816753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:20818506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr7:20818751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr7:20818792 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B140,B65,C83
Chr7:20818792 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 3 B140,B65,C83
Chr7:20818793 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 152 A10,A11,A15,A19,A21,A22,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B101,B103,B105,B106,B110,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B129,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B19,B2,B22,B24,B25,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B53,B54,B55,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B85,B87,B89,B9,B91,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C18,C21,C22,C24,C25,C27,C30,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C52,C53,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D4,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774189.1
203 aa
N
1
102
203
Cyt-b5
C
PF00173 Cyt-b5 78-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774189.1 Pfam PF00173 Cyt-b5 Domain 78 149 1.2e-30 106.1 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918206.1
GCCAATATGAAAAATGGTTGCCGAAGAAGAGGTCAAAGCTGTAATATATCAGATTATTGTAGGGGCCAAATTGTCCTTACATCCAACCCCGGACAAATCCATTTGTATATATGACGTCGATTTCAGCAGCTCGCCTTCTCACTCTAAAAAGTTGTTGGTGAAAGCAGGCGACGCAGAAAATTATCAGATTCCGCTTCTCTCTGGTGAGGAACAATCAACGATGGCATCAGATCCGAAATCTCACACATTCGAGGAGGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993346
ATGGTTGCCGAAGAAGAGGTCAAAGCTGTAATATATCAGATTATTGTAGGGGCCAAATTGTCCTTACATCCAACCCCGGACAAATCCATTTGTATATATGACGTCGATTTCAGCAGCTCGCCTTCTCACTCTAAAAAGTTGTTGGTGAAAGCAGGCGACGCAGAAAATTATCAGATTCCGCTTCTCTCTGGTGAGGAACAATCAACGATGGCATCAGATCCGAAATCTCACACATTCGAGGAGGTCGCGAAGCATACTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774189.1
MVAEEEVKAVIYQIIVGAKLSLHPTPDKSICIYDVDFSSSPSHSKKLLVKAGDAENYQIPLLSGEEQSTMASDPKSHTFEEVAKHTKTKDCWLIISGKVYDVTPFMEDHPGGDEVLLSATGKDATNDFEDVGHSDSAREMMDKYLIGEIDMATVPLKRSYTAPQQPSYNQDKTPEFVIKILQFLVPLLILGLAFAVRLYTKEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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