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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002281

染色体: Chr07 坐标: 21095003-21097757 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002281
名称SmilChr07G002281
描述protein phosphatase 2C 57
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21095003 - 21097757 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993362
GeneID130993362
locus_tag-
NCBI NameLOC130993362
原始查询LOC130993362

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein phosphatase 2C 57
产物protein phosphatase 2C 57
ArabidopsisAT4G27800 (TAP38)
thylakoid-associated phosphatase 38 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828893]
identity=62.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0552300 (OsPP2C05)
-
identity=64.6; qcov=0.862; evalue=1.28e-160; confidence=high
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C); PF13672 (PP2C_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057774199.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057774199.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057774199.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774199.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774199.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21095195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B42,C14,C24
Chr7:21095730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr7:21095752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B129,B4,B92,C69
Chr7:21096103 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B70,C13,C34,C56
Chr7:21096103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C13,C34,C56
Chr7:21096450 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B55
Chr7:21096450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr7:21096494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B2,B32,C50,C52
Chr7:21096683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr7:21096715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C82
Chr7:21096896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B129
Chr7:21097249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774199.1
390 aa
N
1
195
390
PP2C
PP2C_2
C
PF00481 PP2C 62-343 aa PF13672 PP2C_2 75-331 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774199.1 Pfam PF00481 PP2C Family 62 343 1.7e-54 185.9 Protein phosphatase 2C
XP_057774199.1 Pfam PF13672 PP2C_2 Family 75 331 4.1e-07 30.5 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918216.1
AAAATGGACCGAGGCCCAAAACCTTACCCGGCCCACTAGCATCTATGGTGCTGGTAAAGCTATATGGACTGACAAGGAAATCCAAGCCGTTAATTCAGTTAGAGGTGCGTCTTTCTCTCACTTCTTTCTATCATCTCTCACCAAACCTCAACCAGACAAAATATACACTTACAGCAAGAATTTTGCCATTAGATTCTCGCAGCCCTCTTGATTGTTTCTCCATTAATGAGATATGGCCTTATGCAGTCCACAGCTACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993362
ATGGCCTTATGCAGTCCACAGCTACAGAAGTTTCTGGTGAACAAAATCTGCGGCAACTATGGCTGCAACCAGACTTCCAAGAGAAGCAGCATCATAGTAAAGGGCGGAGAGGGAAGAAGACTCTGCTCCGCCATAGCAATAGACTCGCCGGCTTCAATTGCAAACGTGTCGGGAATCAGATGGGGCTCCGTTCAGCTCAAGGGAGCACGCGAAGAGATGGAGGATGATGCCGTCATTATTCAGTCTGATGAGCTTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774199.1
MALCSPQLQKFLVNKICGNYGCNQTSKRSSIIVKGGEGRRLCSAIAIDSPASIANVSGIRWGSVQLKGAREEMEDDAVIIQSDELDGFSYAAVFDGHAGFSSVQFLREELYRECYAALQGKKKLLSGKDFKAIKKALEDAFESADAKLLKWLEKSGEEDESGATATVVFLRDDRLFVSHVGDSCLALSRSGKAEVLTHSHRPYGNKPVSLQEIRRIREAGGWIVDGRICGDISVSRAFGDIRFKTKKNEMLKKGVEEGRW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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