当前解析结果
SmilChr07G002281| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002281 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002281 |
| 描述 | protein phosphatase 2C 57 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21095003 - 21097757 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993362 |
|---|---|
| GeneID | 130993362 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993362 |
| 原始查询 | LOC130993362 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein phosphatase 2C 57 |
| 产物 | protein phosphatase 2C 57 |
| Arabidopsis | AT4G27800 (TAP38)thylakoid-associated phosphatase 38 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828893] identity=62.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0552300 (OsPP2C05)- identity=64.6; qcov=0.862; evalue=1.28e-160; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C); PF13672 (PP2C_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993362 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057774199.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057774199.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057774199.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774199.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774199.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21095195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B42,C14,C24 |
Chr7:21095730 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr7:21095752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B129,B4,B92,C69 |
Chr7:21096103 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B70,C13,C34,C56 |
Chr7:21096103 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B70,C13,C34,C56 |
Chr7:21096450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B55 |
Chr7:21096450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr7:21096494 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B2,B32,C50,C52 |
Chr7:21096683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B121 |
Chr7:21096715 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C82 |
Chr7:21096896 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B129 |
Chr7:21097249 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774199.1PF00481
PP2C 62-343 aa
PF13672
PP2C_2 75-331 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774199.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 62 | 343 | 1.7e-54 | 185.9 | Protein phosphatase 2C |
XP_057774199.1 |
Pfam | PF13672 |
PP2C_2 | Family | 75 | 331 | 4.1e-07 | 30.5 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。