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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002291

染色体: Chr07 坐标: 21188851-21193200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002291
名称SmilChr07G002291
描述protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21188851 - 21193200 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993370
GeneID130993370
locus_tag-
NCBI NameLOC130993370
原始查询LOC130993370

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
产物protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
ArabidopsisAT3G49250 (DMS3)
defective in meristem silencing 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824086]
identity=48.5; qcov=0.909; evalue=3.29e-124; confidence=high
RiceOs01g0235200 (P0708G02.4-1)
-
identity=45.7; qcov=0.769; evalue=5.99e-117; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774218.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057774218.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057774218.1
4 Telomere 端粒 0.20000 XP_057774218.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774218.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21188992 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B98
Chr7:21188992 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B98
Chr7:21189033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,B73,C12,C83
Chr7:21191145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:21192109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B93,C32,C68
Chr7:21192212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B70,C40,C55
Chr7:21192558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr7:21192560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:21192569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918235.1
TATACATAGATTAATTGGTAAACAATAGATGGAAAGAAGACGAGAAAAGGAAAGAAAAAGAATTTATCGTACGAGCACTTTATGCGCGGCGCATTCAGCAGTAGTAGTGCACCTGTGCTGATCTGTCAGTCTCTGAGAAACGCCACGACTCGACTTCCGGCGATGTTCGGCGCCGGCGGAGACCCCTGGAGAATGCCTCCTGACCCGGCAGCACAGCTGTCATATAGTACCAGAAAATTGGTTGTTTCTGACCCATCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993370
ATGCGCGGCGCATTCAGCAGTAGTAGTGCACCTGTGCTGATCTGTCAGTCTCTGAGAAACGCCACGACTCGACTTCCGGCGATGTTCGGCGCCGGCGGAGACCCCTGGAGAATGCCTCCTGACCCGGCAGCACAGCTGTCATATAGTACCAGAAAATTGGTTGTTTCTGACCCATCTTCTTTTAAGCATGCTGACACGAATTCCCTTGATATGGTAACAAGTCCAGACATGCAAAACGCAGGGAAGAGTCAGCAGGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774218.1
MRGAFSSSSAPVLICQSLRNATTRLPAMFGAGGDPWRMPPDPAAQLSYSTRKLVVSDPSSFKHADTNSLDMVTSPDMQNAGKSQQAEVELIAAHSKKLQDDLQEQGLKIKHHEDNLKYLKTLKSNLDETILDMQVALGKYDKASFVRTKKEDPAHVKSEEETIENILKHENSGAAIVYRMKIQAKALPSDHSLTKDVIGIVATLGKVDDNNLSRLLSEYLGLETMLAVVCKTYEGVKALEVYNREGLIDKNLGLHGFAAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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