当前解析结果
SmilChr07G002299| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002299 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002299 |
| 描述 | uncharacterized protein At5g43822-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 21281059 - 21282464 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993378 |
|---|---|
| GeneID | 130993378 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993378 |
| 原始查询 | LOC130993378 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OSJNBa0057L21.18; symbol=OSJNBa0057L21.18; hit=Os10g0566900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | OSJNBa0057L21.18; symbol=OSJNBa0057L21.18; hit=Os10g0566900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G43822 (AT5G43822)Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922354] identity=46.9; qcov=0.628; evalue=4.33e-21; confidence=medium |
| Rice | Os10g0566900 (OSJNBa0057L21.18)- identity=54.2; qcov=0.643; evalue=3.09e-27; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF15011 (CA109-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993378 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057774228.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057774228.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774228.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774228.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774228.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:21281448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr7:21281493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr7:21281495 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr7:21281507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C42 |
Chr7:21281620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr7:21281648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B28,B55,B63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774228.1PF15011
CA109-like 3-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774228.1 |
Pfam | PF15011 |
CA109-like | Domain | 3 | 82 | 3.1e-22 | 79.9 | Ribosome biogenesis protein C1orf109-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。