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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002302

染色体: Chr07 坐标: 21322029-21326580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002302
名称SmilChr07G002302
描述rust resistance kinase Lr10-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向21322029 - 21326580 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993381
GeneID130993381
locus_tag-
NCBI NameLOC130993381
原始查询LOC130993381

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rust resistance kinase Lr10-like
产物rust resistance kinase Lr10-like
ArabidopsisAT4G18250 (AT4G18250)
receptor Serine/Threonine kinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827551]
identity=45.5; qcov=0.789; evalue=1.17e-99; confidence=high
RiceOs01g0115900
-
identity=45.1; qcov=0.897; evalue=9.78e-123; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993381

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774233.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774233.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774233.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774233.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774233.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:21322222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr7:21322292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C34,C70
Chr7:21322485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C14
Chr7:21322524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr7:21322754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:21322887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C34,C70
Chr7:21323992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C52
Chr7:21323994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr7:21324089 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 19 A14,A20,A8,B105,B13,B14,B3,B35,B71,B79,B8,B88,B89,C27,C32,C68,C77,D11,D6
Chr7:21324125 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr7:21324125 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B38
Chr7:21324271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774233.1
632 aa
N
1
316
632
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 31-95 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 336-607 aa PF00069 Pkinase 337-605 aa
XP_057774234.1
632 aa
N
1
316
632
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 31-95 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 336-607 aa PF00069 Pkinase 337-605 aa
XP_057774235.1
465 aa
N
1
232
465
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 169-440 aa PF00069 Pkinase 170-438 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774233.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 31 95 1.2e-17 64.7 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057774233.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 336 607 3.6e-43 148.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057774233.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 337 605 2.7e-44 152.3 Protein kinase domain
XP_057774234.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 31 95 1.2e-17 64.7 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057774234.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 336 607 3.6e-43 148.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057774234.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 337 605 2.7e-44 152.3 Protein kinase domain
XP_057774235.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 169 440 1.7e-43 149.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057774235.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 170 438 1.3e-44 153.3 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918250.1
AATAACGCCTAATTACTCCTTTTACCTTTTCTTCTTTGAATGTTATATACCCAATCCACACAATCTAATTACGCGAAAACATTTCACAAAGCAGCGTAGAAGGTCAGCATATACATATATATTGATCCTTTTCTCCTTCCCCTAAAGATTAAAATTGATATTGCTCAGCATGTCAGAAAATAGAAACCTGTTTGCAGTTTCAAGAATCTCCATTTTCCTGCTTTTCCTCACTGTGAATTCTCTAGCCCAGAACAACAACT...
XM_057918251.1
AATAACGCCTAATTACTCCTTTTACCTTTTCTTCTTTGAATGTTATATACCCAATCCACACAATCTAATTACGCGAAAACATTTCACAAAGCAGCGTAGAAGGTCAGCATATACATATATATTGATCCTTTTCTCCTTCCCCTAAAGATTAAAATTGATATTGCTCAGCATGTCAGAAAATAGAAACCTGTTTGCAGTTTCAAGAATCTCCATTTTCCTGCTTTTCCTCACTGTGAATTCTCTAGCCCAGAACAACAACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130993381
ATGTCAGAAAATAGAAACCTGTTTGCAGTTTCAAGAATCTCCATTTTCCTGCTTTTCCTCACTGTGAATTCTCTAGCCCAGAACAACAACTGCGCTTCATCATCTTGTGGCAATGTCAGAATCAGCTACCCTTTTAGATTGACAAGTAGCCCCAAATCTTGCGGCTACAACGACCCCAGCTTCGAGCTCGAATGCCGCAATAATCAGACTATTTGGGTGGCGAAATCAAGAAGGTACATGGTGCAGGATATCAACTATGA...
LOC130993381
ATGTCAGAAAATAGAAACCTGTTTGCAGTTTCAAGAATCTCCATTTTCCTGCTTTTCCTCACTGTGAATTCTCTAGCCCAGAACAACAACTGCGCTTCATCATCTTGTGGCAATGTCAGAATCAGCTACCCTTTTAGATTGACAAGTAGCCCCAAATCTTGCGGCTACAACGACCCCAGCTTCGAGCTCGAATGCCGCAATAATCAGACTATTTGGGTGGCGAAATCAAGAAGGTACATGGTGCAGGATATCAACTATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057774233.1
MSENRNLFAVSRISIFLLFLTVNSLAQNNNCASSSCGNVRISYPFRLTSSPKSCGYNDPSFELECRNNQTIWVAKSRRYMVQDINYEFYSIRVVDPTISSANLSSCPVYSNDYDSWPSIFSGFFDSNIPVSFIYCLSPVNSSKYVEGPFCGNTSSIFSNSSQIYSYVMVGDQIIVSDVEEACSVYRVVWTSGRRDMKDNSSLVGIYDDLAYGVELSWFRALCGECETSDGSCSVEGNRITCKHYCKEDTPLSQKSLKCKF...
XP_057774234.1
MSENRNLFAVSRISIFLLFLTVNSLAQNNNCASSSCGNVRISYPFRLTSSPKSCGYNDPSFELECRNNQTIWVAKSRRYMVQDINYEFYSIRVVDPTISSANLSSCPVYSNDYDSWPSIFSGFFDSNIPVSFIYCLSPVNSSKYVEGPFCGNTSSIFSNSSQIYSYVMVGDQIIVSDVEEACSVYRVVWTSGRRDMKDNSSLVGIYDDLAYGVELSWFRALCGECETSDGSCSVEGNRITCKHYCKEDTPLSQKSLKCKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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